Charleston

Il club venne fondato nel 1993 da un gruppo di imprenditori appassionati di calcio guidati da Tony Bakker, un londinese proprietario dell'azienda di software Blackbaud. In quell'anno la squadra cominciò a militare nella Seconda Divisione dell'USISL, la lega che dal 1995 è nota come USL.

Il club vinse il suo primo titolo di Seconda Divisione nel 1996 dopo aver battuto in finale gli Charlotte Eagles per 3-2 agli shootout.

Nel 1997, il Battery si iscrisse alla A-League (successivamente nota come USL First Division), all'epoca il campionato statunitense più importante dopo la Major League Soccer.

Nel 1999 la società portò a compimento i lavori di costruzione del suo nuovo stadio, all'epoca chiamato Blackbaud Stadium, diventando così il primo club statunitense a costruire il proprio stadio specifico per il calcio senza ricorrere a fondi pubblici.

Nel 2003, a distanza di sette anni dall'ultimo titolo vinto, la squadra di Charleston si aggiudicò il campionato sconfiggendo il Minnesota Thunder con un netto 3-0.

Nel 2008, il Charleston Battery fu protagonista di ottime prestazioni nella U.S. Open Cup: dopo aver battuto i dilettanti del New Stars e gli Charlotte Eagles ai primi due turni, la squadra eliminò le franchigie MLS della Houston Dynamo e del Dallas prima di vincere ai rigori la semifinale contro i Seattle Sounders, all'epoca ancora membri della USL First Division. Nella finale disputata il 3 settembre presso l'RFK Stadium di Washington, il Battery dovette però piegarsi ai padroni di casa del D.C. United con il risultato finale di 2-1. In ogni caso, la squadra di Charleston rimane ad oggi l'ultima squadra non militante in MLS ad aver raggiunto la finale della coppa nazionale statunitense.

Nel 2010, il club declinò l'invito ricevuto di entrare a far parte della NASL e preferì anzi scendere di categoria e riunirsi alla USL Second Division, di cui rimase in vetta alla classifica per l'intera stagione e vinse il titolo dopo aver sconfitto in finale i Richmond Kickers per 2-1. Si trattava del terzo titolo conquistato nella storia del club. Il capocannoniere della squadra Lamar Neagle risultò essere anche capocannoniere del campionato e fu dichiarato MVP, mentre l'allenatore Michael Anhaeuser fu nominato miglior allenatore.

Nel 2011, il club fu membro fondatore della neonata USL Pro. La stagione successiva (2012) il Charleston Battery, dopo aver concluso la stagione regolare al terzo posto, vinse il quarto titolo della sua storia sconfiggendo in finale i Wilmington Hammerheads per 1-0.

Negli anni successivi, la società raggiunse diversi accordi annuali di affiliazione con franchigie MLS: nel 2014 i gialloneri strinsero un accordo con i Vancouver Whitecaps, nel 2015 fu il turno della Houston Dynamo, mentre invece l'anno successivo fu la volta dell'Atlanta United.

Nel febbraio 2016 fu annunciata la cessione del club ad un gruppo denominato B Sports Entertainment.

Nell'ottobre 2019 fu annunciata la vendita della società ad un gruppo denominato HCFC e capitanato dall'impresario Rob Salvatore. I nuovi proprietari vendettero il vecchio stadio per circa 6 milioni di dollari e annunciarono che, dalla stagione 2020 in avanti, la squadra avrebbe giocato in casa presso il Patriots Point Soccer Complex, più vicino al centro della città.