Akademija Pandev

Il club è stato fondato nel 2010 come accademia giovanile da Goran Pandev, nativo di Strumica, campione d'Europa e del mondo con l'Inter proprio in quell'anno. Nel 2014 è sorta la squadra senior, che, partita dalla quarta serie, ha ottenuto tre promozioni consecutive, vincendo nel 2017 la Vtora Liga, seconda serie macedone, accedendo quindi per la prima volta alla Prva Liga, dove alla stagione d'esordio ha chiuso sesta in classifica.

Nel 2016 ha partecipato con una formazione giovanile al Torneo di Viareggio.

Nella stagione 2018-2019 ha vinto il suo primo trofeo nazionale, la Coppa della Macedonia del Nord, battendo per 4-2 ai tiri di rigore il Makedonija G.P. dopo il 2-2 dei supplementari, qualificandosi così per la prima volta ad una competizione europea, il primo turno di qualificazione di Europa League.

Nell'agosto 2022 il proprietario Goran Pandev e la squadra dilettantistica italiana del Brera hanno stipulato un accordo di sponsorizzazione, stabilendo una stretta collaborazione tra entrambe le parti. Dopo appena un anno, il 31 maggio 2023, l'Akademija Pandev è stata acquisita con successo dal Brera Holdings PLC, con la società che ha ricevuto il 90% delle azioni del club, lasciando il restante 10% a Pandev.