Atalanta II

Storicamente, l'Atalanta è conosciuta per il suo settore giovanile, sia in Italia, in cui è ritenuto uno dei migliori vivai nazionali, sia in Europa. La squadra che ha vinto la Coppa Italia 1962-1963 era costituita prevalentemente da giocatori cresciuti nel club, come Angelo Domenghini e Piero Gardoni. Inoltre, molti giocatori che hanno iniziato la propria carriera nelle file dei bergamaschi, come Gaetano Scirea, si sono successivamente trasferiti nei club più importanti di Serie A e del calcio europeo, e le stesse formazioni giovanili si sono più volte distinte per i successi ottenuti a livello nazionale, fra cui i quattro titoli vinti nel Campionato Primavera (l'ultimo dei quali nel 2020).

Nel maggio del 2018, a seguito della mancata qualificazione della nazionale maggiore italiana al campionato mondiale dello stesso anno, la FIGC ha scelto di implementare alcune nuove riforme, tra cui l'introduzione delle seconde squadre, le quali erano già presenti in alcuni dei principali campionati europei. Il primo club italiano a creare la propria squadra B fu la Juventus: la Juventus Next Gen (inizialmente nota come Juventus U23) venne ufficialmente ammessa in Serie C il 3 agosto 2018.

Il 21 giugno 2023, a seguito della mancata iscrizione al campionato di Serie C del Siena, l'Atalanta U23 viene ufficialmente fondata e iscritta al girone A: gli orobici diventano così la seconda società italiana ad iscrivere una seconda squadra in un campionato professionistico. Per l'annata di debutto della formazione, il club bergamasco sceglie lo Stadio Comunale di Caravaggio, normalmente utilizzato dall'omonima squadra locale, come sede delle partite giocate in casa: tuttavia, a causa della necessità di completare i lavori di riqualificazione, i primi incontri casalinghi vengono disputati allo stadio Città di Gorgonzola, dato in affitto alla Giana Erminio dal comune cittadino. Quanto alla guida tecnica, Fabio Gatti viene nominato direttore sportivo, mentre Francesco Modesto diventa il primo allenatore nella storia della squadra, affiancato dall'ex atalantino Giuseppe Biava nelle vesti di secondo.

Il 3 settembre seguente, l'Atalanta U23 disputa il suo primo incontro ufficiale, una sfida di campionato contro la Virtus Verona, che si conclude con un 3-2 a favore del club veneto; nell'occasione, Moustapha Cissé mette a segno la prima rete nella storia del club. Il club termina la sua prima stagione al 5º posto, posizione che qualifica il club orobico ai play-off, dove viene eliminato al primo turno dal Catania.

Nella sua seconda stagione il club orobico termina il campionato di Serie C all'ottavo posto, qualificandosi ai play off grazie anche alle reti del capocannoniere del Girone A Vanja Vlahović. Dopo aver sconfitto il Trento, l'AlbinoLeffe e la Torres, l'Atalanta U23 viene eliminata nel secondo turno nazionale a seguito del doppio pareggio con l'Audace Cerignola in virtù del miglior piazzamento dei pugliesi in campionato: questo risultato è, tuttavia, il migliore di una seconda squadra in Italia.

Nella stagione 2025-2026 la squadra viene inserita per la prima volta nel girone C di Serie C e cambia la guida tecnica, con Salvatore Bocchetti che diventa allenatore del club, conquistando all'ultima giornata, per la terza stagione consecutiva, l'accesso ai playoff dove viene però eliminata al primo turno dalla Casertana. Anche nella stagione successiva cambiano nuovamente sia il girone d'appartenenza (per la prima volta affronta il girone B di Serie C) che l'allenatore, con Nicola Beati che prende il posto di Bocchetti.