Binacional

2010: Fundación

En el año 2010 por la gran afluencia de pobladores aficionadas al fútbol de la ciudad fronteriza de Desaguadero, el entonces alcalde de dicha localidad Juan Carlos Aquino, decide la fundación de un equipo de fútbol que pueda representar a su ciudad y ganar notoriedad en canchas puneñas, es así que se funda el club bajo el nombre de Club Deportivo Binacional de Desaguadero, llevando el nombre Binacional debido a que la ciudad donde fue fundada es una zona fronteriza entre Perú y Bolivia, ese mismo año no pudo participar en la Copa Perú ya que la misma se encontraba en fases finales.

2011-2015: Participaciones en Copa Perú

Ya para el año 2011, el club se encontraba apto para su participación en la Copa Perú de ese año, y así debutó en la Liga Superior de Puno, en la que tuvo una discreta participación, quedando eliminado pero el cuadro fronterizo apuntó más lejos en la Copa Perú 2012 y llegó hasta la Etapa Nacional, instancia en la que ganó en la tanda de penaltis al Deportivo Credicoop de Tacna, pero este último clasificó en mesa debido al reclamo que presentó el cual fue resuelto tardíamente.​​

En la Copa Perú 2013, en la liga departamental y regional de Puno, se clasificó nuevamente a la etapa nacional como campeón departamental, pero fue eliminado otra vez en octavos de final por el equipo San Simón de Moquegua, club que posteriormente se consagraría como campeón de dicho torneo. Al año siguiente sólo llegó a la etapa regional, siendo superado en su grupo por el Unión Alto Huarca de Cusco y el Unión Fuerza Minera de Puno, este último se convertiría en el subcampeón de la Copa Perú 2014. Para el año 2015 se produjo un cambio de formato​ radical de la Copa Perú, con el nuevo método de clasificación, el Deportivo Binacional no pudo acceder a la fase nacional de la Copa Perú 2015, siendo eliminado por el Policial Santa Rosa en la etapa regional.

2016: Cambio de localidad y campaña notable en Copa Perú

Para el 2016 se produciría la mudanza a la Liga Departamental de Arequipa, por motivos logísticos y de material humano​ el entonces alcalde de la Provincia de Chucuito, Juan Carlos Aquino Condori, presidente ininterrumpido del Deportivo Binacional, luego de analizar diversas posibilidades en Arequipa, decidió adquirir el club de fútbol Escuela Municipal de Paucarpata,​ fundado el 5 de abril de 2008 y participaba en la Liga Distrital de Paucarpata. Si bien había varios equipos en la mira, estos no estaban del todo convencidos de ser absorbidos. Con este cambio de localidad, el club tendría ahora el nombre de Escuela Municipal Deportivo Binacional, producto de la unión de los nombres de ambos clubes.

Para el año 2016, el equipo llegó a tener encuentros amistosos con equipos como el Alianza Lima.​ Empezó jugando en la Liga Distrital de Paucarpata, en la que ganó la mayoría de sus partidos, logrando el título, cuya etapa fue dirigida por Luis "Puchito" Flores, el cual logró que el Deportivo Binacional quede líder absoluto de la Liga Distrital, al haber ganado sus ocho partidos habiendo marcado nada menos que 70 goles y perdido en solo una ocasión.​ Clasificó a la etapa provincial en la que jugó el último encuentro del cuadrangular final en el estadio Melgar clasificando así, junto al Deportivo Sutega de La Joya a la siguiente etapa. Ya en la etapa departamental, el Deportivo Binacional empezó goleando por el marcador de 6 - 1 al Sport Magallanes de Mariano Melgar y tras varios encuentros con clubes de fútbol prestigiosos e históricos de Arequipa como el Huracán clasificó por tercera vez a la etapa nacional de la Copa Perú, en dicha etapa el club quedó en segundo lugar en la tabla nacional de posiciones, clasificando así a octavos de final. En dicha instancia se enfrentó al histórico Octavio Espinosa de Ica, al cual derrotó por el marcador global de 5 - 2 clasificando a cuartos de final.​ Para dicha etapa le tocó enfrentarse al campeón de la Liga Departamental de Fútbol de Ica, el club Carlos Orellana, ganando de 6 - 4 del Deportivo Binacional y clasificándose para la final de la Copa Perú, ilusionando a la afición arequipeña con el ascenso del club a la Primera División del Perú. Pero en esta etapa el Deportivo Binacional no pudo alcanzar dicha meta, tras perder con el Racing de Huamachuco y el Sport Rosario y ganarle solo al Deportivo Hualgayoc, dándole el tercer puesto del torneo.​

2017: Campeón de la Copa Perú y ascenso al fútbol profesional

Después de la final en la Copa Perú 2016, para la campaña del 2017, el Deportivo Binacional se preparó para afrontar la Copa Perú del año en curso, reforzándose con jugadores de renombre y así mejorar la campaña pasada.​ A lo largo del año, a modo de preparación el Deportivo Binacional, tuvo partidos amistosos con equipos de gran trayectoria que participan en la Segunda División como el Cienciano​ y equipos del Torneo Descentralizado como el Real Garcilaso,​ el cual terminó en empate, y con el Melgar, al cual goleó con el marcador de 6 a 1.​ todos los partidos de pretemporada 2017, los realizó en el departamento de Puno.

Por cuarta vez el Deportivo Binacional logra acceder a la etapa nacional,​ quedando en el 12° lugar de la tabla nacional de posiciones, accediendo al repechaje el cual jugó con el León de Huánuco, al que derrotó por el marcador global de 11 a 2, en octavos de final se midió fuerzas contra el Defensor Laure Sur de Lima, derrotándolos por un marcador global de 5 - 2, ya en cuartos de final el rival a superar fue el Club Unión San Martín del Ica, al cual derrotó por el mismo marcador, clasificando a la finalísima. El Deportivo Binacional después de dos victorias y un empate, se corona como campeón de la Copa Perú 2017 y logra el ascenso a la Primera División del Perú.​