Academia Cantolao

1981-1982: Primeros años

Fue fundada en el Balneario de Cantolao (de ahí el nombre), ubicado en la Provincia Constitucional del Callao, el 14 de abril de 1981. Ese año empezó a participar como Deportivo Cantolao en la Liga del Callao tras comprarle la categoría al Teófilo Zavalaga. Fue campeón distrital y luego también del Interligas chalaco.

En 1982 participó en la Etapa Regional de la Copa Perú donde eliminó a Octavio Espinosa y Atlético Independiente. En la Etapa Nacional clasificó junto a Unión González Prada al hexagonal final dejando fuera a Leoncio Prado de Tingo María. En la finalísima terminó igualado en puntos con Atlético Torino y Atlético Grau pero quedó en tercer lugar por diferencia de goles.​

1983-1986: En la Segunda División

Tras esa campaña fue invitado a participar en la reactivada Segunda División Peruana 1983 donde terminó igualado en el segundo lugar con Huracán San Agustín, a tres puntos del campeón Unión González Prada.​ Participó en Segunda Profesional hasta 1985 y en 1986 le vendió la categoría a Internazionale San Borja.​

1987-1988: Vuelta a la Copa Perú

En 1987 volvió a participar en la Copa Perú, pero esta vez como Academia Cantolao y desde la recién creada Liga Distrital de Bellavista - La Perla. Al año siguiente fue tercero en la Etapa Departamental y jugó un repechaje por el último cupo a la Regional contra Juan Mata que le venció por 2-1.

1989-1992: Aurora-Cantolao

A finales de 1989, el club se fusiona con Aurora Miraflores naciendo el Club Aurora-Cantolao participando en la Segunda División los años 1990 y 1991. Mientras tanto en la Liga de Bellavista - La Perla continuó participando como Academia Cantolao. Para el año 1992, se volvió a reestructurar la segunda profesional por lo que se redujo la cantidad de equipos y la fusión se disuelve.

2013-2014: Años en la sombra

En 2013, clasificó a la Etapa Departamental del Callao donde se quedó a un paso de llegar a la Regional tras empatar 1-1 en semifinales con Márquez FC de Ventanilla y luego por penales perdió por 10-9.​ En 2014 la Academia Cantolao logró ser campeón de la Liga Distrital de Bellavista-La Perla clasificando al Interligas del Callao. Tras ganar la Serie A eliminó luego a José López Pazos y definió el cupo a la Etapa Regional con América Latina de Bellavista que le venció por 2-1.​

2015: Subcampeón de la Copa Perú y retorno a Segunda División

En 2015, ganó la Serie B de la Liga de Bellavista-La Perla al derrotar por 20-0 a la Academia Ballón y clasificó a la etapa departamental. En esa fase Cantolao ganó el grupo A (eliminando a Dan Las Lomas y Defensor Reynoso) y luego venció por 6-1 a Estrella Azul de Ventanilla. Logró la clasificación a la Etapa Nacional de la Copa Perú 2015 tras vencer 6-1 a Alfredo Tomassini de Ventanilla.

Ya en la etapa nacional, pasaría a octavos de final después de quedar séptimo en la tabla única de posiciones, donde se enfrentaría al José Chiroque de Zarumilla a quien derrotó con un marcador global de 5 a 1. En cuartos de final se enfrentaría al Sport La Vid de Concepción a quien derrotó con un marcador global de 5 a 2. En Semifinales se enfrentaría a Cristal Tumbes a quien derrotó con un marcador global de 4 a 3. Ya en la final se enfrentó al Defensor La Bocana de Sechura con quien caería derrotado por un marcador global de 3 a 4. El subtítulo obtenido le permitió ascender a la Segunda División.

2016: Campeón de la Segunda División y ascenso a Primera División

En la Segunda División 2016, tomó la punta del torneo a falta de tres fechas luego de ganar por 1-0 a Cienciano en Cusco.​ Llegó a la fecha final igualado en puntos con Sport Áncash al que venció 2-0 en partido extra disputado en el estadio Alejandro Villanueva logrando el ascenso a Primera División.​​ Esa temporada tuvieron como goleador a José Manzaneda, quien sería considerado en el once ideal y el mejor jugador del campeonato.​

2017-2022: Instancia en la Primera División

El 4 de febrero de 2017, jugó por primera vez en la Primera División, frente a Melgar, en el Monumental de la UNSA, el cual terminó en empate sin goles.​​ Finalizaron el Campeonato Descentralizado 2017 en el puesto 12.º en la tabla acumulada.

En el 2018, debutó en el Campeonato Descentralizado 2018 el partido frente a Deportivo Binacional, el cual ganaron con un marcador de 2-0.​​ Finalizaron el campeonato en el puesto 12.º en la tabla acumulada. Esa temporada tuvieron al colombiano Fabián González como el goleador del club con 21 goles.​​

En el 2019, debutó en la renovada Liga1 2019 en un empate 0-0 frente a Alianza Universidad de visita​​ y terminó su participación en la derrota 4-2 frente a Melgar.​​ Finalizaron el campeonato en el puesto 11.º en la tabla acumulada. En la Liga1 2020 mantuvo la categoría en la última fecha pese a perder 3-2 ante Sporting Cristal y terminó en el puesto 16.º de la tabla acumulada.​ Al año siguiente, en la Liga1 2021, nuevamente evitó el descenso en las últimas fechas y acabó el torneo en el puesto 13.º del acumulado. Y para la Liga1 2022 terminaría en la posición 14.º con 34 puntos.

2023: Descenso a Liga2 (Segunda División)

Pero en la Liga1 2023 no tuvo la misma suerte que en temporadas anteriores sobre salvarse del descenso, esto tras hacer una campaña muy pobre donde solo se cosecharían 7 victorias en 36 partidos. Cantolao perdería la categoría en la Fecha 16 del Torneo Clausura tras caer de local 0-1 contra ADT, además del empate que obtuvo Sport Boys sobre UTC a domicilio.

El Delfín acabaría en la última posición con 26 puntos y de esta forma se despedía de la máxima categoría del fútbol peruano tras 7 temporadas al hilo.​

2024-act: Nueva etapa en Segunda División

En su regreso a Segunda División, acabaría en la quinta posición de la Zona Sur y en la segunda posición del Grupo B de la lucha por el campeonato en la Liga2 2024, de esa forma estuvo habilitado para jugar los play-offs del campeonato. Su rival en cuartos de final sería Santos FC, sin embargo perdería dicho encuentro 1-2 y por ende pierde sus chances de ascender.