Alianza Universidad

1939: fundación

Fue fundado el 1 de enero de 1939 con el nombre de Club Social Deportivo Alianza Huánuco, luego de la fusión de los equipos Sport Grau (del barrio del Tingo) y Jorge Chávez (del tradicional Barrio huanuqueño de Iscuchaca Dulce).​ Su primera camiseta estaba dividida en dos mitades de color rojo (del Jorge Chávez) y azul marino (del Grau).​

1990: ascenso y primera instancia en primera división

En 1990, durante la etapa de los Campeonatos Regionales, fue campeón de la Región V y ascendió a Primera División tras vencer al campeón del Región VI, Social Magdalena de Ayacucho.​

Participó en el Campeonato Regional del Centro de 1991 con poco éxito, pues apenas logró 9 puntos,​ y por la reducción de equipos para la siguiente temporada, no lograría su clasificación al Campeonato Descentralizado 1992, perdiendo la categoría y retornando a la Copa Perú.

2004: fusión con la Universidad de Huánuco

El 9 de agosto de 2004, cuando participaba en la etapa provincial de la Copa Perú, el Alianza Huánuco se fusionó con el equipo de fútbol de la Universidad de Huánuco (que se encontraba en tercera división de la Liga Distrital de Fútbol de Huánuco), cambiando su nombre a Club Deportivo Social y Cultural Alianza Universidad de Huánuco.

2007-2011: campañas en la Copa Perú

En el 2007 clasificó a la etapa Nacional de la Copa Perú, siendo eliminado en octavos de final por el Sport Huamanga de Ayacucho. En la Copa Perú 2008, sería eliminado nuevamente en octavos de final por el mismo club esta vez, tras ganar cada uno por 3-1 su partido como local, fue eliminado al perder la definición por penales.​

En la Copa Perú 2009 el equipo azulgrana llegaría hasta los cuartos de final de la Etapa Nacional, siendo eliminado por su clásico rival, León de Huánuco, por un global de 1-0: empató 0-0 en la ida y perdió 1-0 en la vuelta.

Copa Perú 2010 Los azulgranas llegarían solo hasta la Etapa Regional, donde quedó segundo en su grupo por detrás de ADT, equipo que clasificó.

Su mejor campaña fue en la Copa Perú 2011, donde Alianza Universidad empezó a jugar desde la Etapa Departamental, donde fue campeón. Luego accedió a la Etapa Regional donde quedó primero en su grupo. Gracias a esto, los azulgranas clasificaron a la Etapa Nacional donde llegaron hasta semifinales, siendo eliminados por el futuro campeón Real Garcilaso por un global de 4-3: ganaron 3-2 en la ida y perdieron 2-0 en Cuzco, quedando tercero en el certamen.​

2012-2016: invitación a segunda división

Sin embargo, debido a que Colegio Nacional de Iquitos y Alianza Atlético se negaron a participar en la Segunda División 2012, Alianza Universidad fue invitado a participar al haber quedado tercero en la Copa Perú 2011.

En la Segunda División Peruana 2012, Alianza Universidad en su primera temporada en esta categoría quedó en el quinto puesto.

En la temporada 2014 el equipo culminó el torneo en la cuarta casilla pese a haber ocupado en varias fechas la primera casilla.

En la temporada 2016 el equipo finalmente descendió nuevamente a Copa Perú.

2018: subcampeón de la Copa Perú y el regreso a primera

En el 2018, Alianza Universidad se consagra como campeón de la Liga Departamental de Huánuco, lo que lo lleva a clasificar a la etapa nacional de la Copa Perú 2018. Su participación en la fase regular de dicha etapa lo llevó a jugar un repechaje ante el AD Huamantanga de Junín, en el cual salió victorioso. Sus siguientes rivales serían los históricos Alfonso Ugarte de Puno y Atlético Torino de Talara, a los cuales venció en cuartos y octavos de final, respectivamente. Su buena participación llevó al equipo al cuadrangular final del torneo. A pesar de que su rendimiento fue bueno en la fase final, la diferencia de goles le dio la Copa Perú al Pirata Fútbol Club. Alianza Universidad se tuvo que conformar con el subcampeonato.

Pero no todo estaba perdido para los huanuqueños. La Federación Peruana de Fútbol anunció que no ascenderían 2 equipos a la división mayor, como era común; sino que cuatro equipos llegarían a Primera División. Los equipos de Segunda División y Copa Perú que quedaron en el segundo y tercer puesto ese año lucharían por los dos cupos restantes en un Cuadrangular de ascenso. Alianza Universidad participó en este torneo junto con el tercer lugar de la Copa Perú, Santos FC de Ica; y los dos equipos de Segunda División: Carlos A. Mannucci y Cienciano. Gracias a sus empates ante Cienciano y Mannucci, y su victoria frente al Santos, Alianza Universidad selló su regreso a la Primera División.

2019-2021: segunda instancia en primera

En 2019 debutó en la Liga 1 2019 con un empate 0-0 frente a la Academia Cantolao de local​ y terminó su participación con una derrota de local 0-1 frente a la Universidad César Vallejo, finalizando en el puesto 12.º en la tabla acumulada, la campaña en general fue regular.

En la temporada 2020 de la Liga 1, el equipo tuvo un buen arranque, siendo líder hasta el mes de marzo, cuando el torneo se suspendió por la pandemia del COVID-19 en el país.​ Tras la vuelta del fútbol, el cuadro azulgrana no se pudo recuperar y quedaron en el puesto 10 con 37 puntos, que dejaron al equipo fuera de toda competición internacional.​

Llegando a la Liga 1 de 2021, a pesar de que en un principio el equipo estuvo peleando los torneos internacionales, poco a poco empezó a desinflarse durante la segunda etapa del campeonato, consiguiendo una racha de partidos sin poder ganar durante el cierre de campaña, teniendo como consecuencia tener que luchar el descenso del cual no escapo. Alianza Universidad perdió la categoría en la última fecha tras caer 1-2 frente a Ayacucho FC, finalizando como colista del torneo con apenas 23 puntos.​

2022-2023: nuevas campañas en segunda

En su regreso a la Segunda División, el cuadro huanuqueño afronta la Liga2 2022 con un pobre rendimiento durante la primera etapa del campeonato, en la que solo ha conseguido once puntos y dos victorias en el torneo apertura. Ya en el torneo clausura, el equipo se rehízo logrando diecinueve puntos y cinco victorias. De esta forma, el equipo finaliza en la octava posición con veintinueve puntos, aunque sin opciones de nada.

Para el 2023, el equipo concluye la fase regular de la Liga2 de ese año en la tercera posición, por lo que los azulgranas acceden a los play-offs por el segundo cupo de ascenso, entrando directamente desde las semifinales.​ En esa fase les tocó enfrentarse a la Universidad San Martín, que sería superior a su rival tras vencerlo 3-2 en Lima y 3-1 en Huánuco, con un resultado global de 6-3 a su favor, y así llegaban a la final de los playoffs. El rival que le esperaba en dicha final por el ascenso fueron Los Chankas. Tras ganar 3-1 en Huánuco​ y perder también con ese mismo resultado en Andahuaylas, tuvieron que definir al ascendido desde el punto de penalti. Lamentablemente, el cuadro huanuqueño perdería 3-2 en dicha tanda y de esa forma se les escapa el ascenso «por un pelo».​