Atlético Huila

Inicios y ascenso

El 29 de noviembre de 1990 se crea el Club Deportivo Atlético Huila, luego de varios meses de conversaciones y gestión interna en el departamento del Huila para tener un equipo profesional. La idea del Atlético Huila contó con el apoyo de dirigentes como Jorge Correa Pastrana (presidente de la Dimayor), Álvaro González Alzate (presidente de la Difútbol), Gerardo Gómez Álvarez (presidente de la Liga de fútbol del Huila), Ramiro Gutiérrez Perdomo (Presidente Ejecutivo de la Cámara de Comercio de Neiva) y el entonces gobernador Jorge Eduardo Gechem y el alcalde de Neiva Luis Alberto Díaz.​

En el año 1991​ se forma el primer equipo profesional para participar del torneo de la Primera B, con Víctor Quiñónez como técnico. En esa temporada Atlético Huila fue cuarto en la tabla de posiciones.​ En el año de 1992​ toma el mando técnico Alberto Rujana, quien tuvo una excelente campaña para llevar al Atlético Huila rumbo a la Primera A. Entre otros jugadores, se destacó Guillermo Berrío, quien fue goleador de la temporada con 18 tantos. Igualmente, Alonso Alcíbar marcó 11 goles y Wilson Cano nueve.​

Años en Primera División (1993-1996)

Las primeras temporadas del Atlético Huila en la máxima categoría del fútbol en Colombia no tuvieron mayor éxito, ya que no pelearon el campeonato.​​ Pese a ello, Atlético Huila se quedó cuatro temporadas en el campeonato profesional. En la temporada 1993​ terminó en el puesto 11, contando con la base de jugadores que ascendieron de la Primera B y refuerzos como Walter Escobar y Rogeiro Da Silva.​​​

En la temporada 1994​ llegaron Rafael Dudamel y Manuel Acisclo Córdoba, entre otros refuerzos. Al final del torneo, Atlético Huila fue décimo.​ En 1995​ el sistema de campeonato cambió, realizándose un torneo corto en el primer semestre, para acoplar el calendario con el fútbol en Europa. La campaña fue bastante mala, ya que Huila se salvó por dos puntos de caer al descenso.​ En el campeonato 1995-1996​ Atlético Huila cambió de técnico, llegando Nelson Abadía a comienzos de 1996.​ Pese a ello, el Huila fue último en la instaurada tabla de promedio para el descenso y cayó de nuevo a la Primera B.​​

Segunda etapa del club (1997-2004)

El Atlético Huila cambió nuevamente de técnico. Rafael Corrales dirigió al club en la temporada 1996-97,​ finalizando en el quinto lugar, y en el Adecuación 1997,​ en el cual cumplió con la misión de ganar el segundo título del club 'Opita' y llevarlo de nuevo a la Primera A en diciembre de 1997, superando al Cúcuta Deportivo.​ En la nómina ganadora del ascenso figuraban jugadores como Edú Aponzá, Diego Luis Córdoba, Hugo Arias y Julio César Ararat.​

Luego del ascenso, en la temporada 1998,​ llegaron como refuerzos Joaquín Pitre y el chileno Elías Escalona, entre otros.​ Al final del año, Atlético Huila fue noveno y quedó a cuatro puntos de ingresar en los cuadrangulares semifinales.​ La temporada 1999 sería la última de Rafael Corrales como técnico, luego de dejar al Atlético Huila en el último lugar del campeonato con apenas 36 puntos en 44 partidos. Pese a ello, el club se mantuvo en Primera División.​ En ese año, Jairo Patiño vistió los colores del Atlético Huila.​

Para la temporada 2000​ el Huila tuvo dos técnicos. En el primer semestre dirigió Jairo Silva Quizá y en los segundos seis meses del año el estratega fue Juan Eugenio Jiménez,​ quien luego de llevar al Atlético Huila al décimo lugar del campeonato se quedó en el cargo.​ En 2001,​ Atlético Huila fue penúltimo con apenas 42 puntos,​ pese a ello Jiménez siguió como entrenador. En esa temporada atajó el arquero uruguayo Héctor Burguez y se retiró el delantero Bernardo Redín.​

En 2002 se instauró de forma definitiva el sistema de torneos cortos. En el Torneo Apertura, Huila fue 14.º, lo cual produjo la salida de Juan Eugenio Jiménez y el debut como técnico de Bernardo Redín para el Torneo Finalización, culminando en el puesto 15, salvándose de descender apenas por la diferencia de goles, ya que empató en puntos en el último lugar de la tabla del descenso con el descendido Real Cartagena.​ Para el Apertura 2003, Huila se quedó apenas a dos goles de ingresar a los cuadrangulares, en el noveno lugar.​ Con el Torneo Finalización se produjo el regreso de Guillermo Berrío al Atlético Huila,​ sin embargo, el club quedó en el puesto 12, lo cual hizo que Bernardo Redín renunciara al cargo de entrenador.

Félix Valverde Quiñónez fue el designado por la directiva huilense para dirigir al equipo en 2004.​ Jugadores como Manuel Santos Arboleda, Wilson Cano, David Mendoza, Duván Hernández, Rubiel Quintana y Óscar Londoño,​ no pudieron lograr que el Atlético Huila avanzara a la semifinal. En el Apertura el equipo ocupó el puesto 15.º, y en el Finalización apenas alcanzaron el puesto 13.​

Semifinalista y cerca del descenso (2005-2006)

El exgobernador del Huila Jaime Lozada Perdomo asumió la presidencia del club en el 2005, buscando un saneamiento fiscal y la mejora en los resultados deportivos.​ Con él, llegó Bernardo Redín para dirigir nuevamente al equipo.​ En el Torneo Apertura,​ Atlético Huila logra clasificar por primera vez a los cuadrangulares semifinales de la Primera A al ocupar el sexto lugar con 26 puntos.​ Ya en los cuadrangulares, Huila fue superado por Santa Fe y Envigado FC. En el mismo cuadrangular B también estuvo el Once Caldas.​

En el Finalización 2005, el nivel futbolístico del Atlético Huila decayó, finalizando la temporada en el puesto 16, produciéndose de nuevo la salida de Bernardo Redín. El 3 de diciembre de ese año la tragedia tocó por primera vez las puertas del Huila, con el fallecimiento del presidente Jaime Lozada Perdomo. En su reemplazo se posesionó el empresario Jorge Fernando Perdomo.