Boston River

El nombre para el nuevo club surgió de la conjunción de "Boston", en alusión a un cuadro que representaba a la sastrería Boston, y "River" fue incorporado en homenaje al primer presidente Juan Deri que era de nacionalidad argentina e hincha del River de ese país.

Desde su fundación hasta 1953, Boston River disputó diversas competencias barriales. En 1953 el club se afilió a la Asociación Uruguaya de Fútbol, comenzando su actividad en los torneos de la Extra B. El primer partido oficial del club fue ante el vecino Estrella Roja del Cerrito de la Victoria; los debutantes ganaron 2-0.​ Ese mismo año el Boston obtiene su primer ascenso a Extra A.​ En 1956 Boston River obtiene el campeonato de la Extra A en una final inolvidable frente al Pablo Pérez en el Estadio Centenario​ y pasa a jugar en los Torneos de Intermedia (tercera categoría).

El equipo de Barrio Bolívar estuvo cerca de acceder a la Primera "B" cuando disputó finales de desempate por el ascenso ante Misiones en abril de 1961, cayendo derrotado por un global de 4-0 en dos partidos jugados en Belvedere.​ Boston River siguió disputando la Intermedia (luego llamada Primera C) hasta 1981 donde por problemas de diverso índole el club se retira de las competencias de la AUF.

Regreso (1999) y profesionalismo (2006)

En el año 1999, luego de 18 años sin participar en fútbol (el club continuó compitiendo en otros deportes, siendo habitual animador en fútbol de salón)​ Boston River regresó a la AUF para participar de los torneos de la Primera C, por entonces llamada Liga Metropolitana (actual Primera División Amateur). En el año 2006, el club obtiene el título de esa liga, al vencer en la final a Alto Perú por 1 a 0 en el Parque Palermo con gol de Claudio Acosta, logrando el ascenso a la Segunda División Profesional por primera vez en su historia.

El 31 de agosto de 2009, se firmó el acuerdo por el cual Boston River conformó la segunda Sociedad Anónima Deportiva del Uruguay. La S.A.D. estaba dirigida por los destacados exfutbolistas argentinos Carlos Navarro Montoya, Walter Silvani y Martín Cardetti (en el caso del "Chapulín" Cardetti, también fue futbolista del equipo principal). El 25 de noviembre del 2009 disputó su primer encuentro amistoso internacional, viajando al Estadio Monumental de Buenos Aires, para enfrentar justamente a River argentino. El encuentro finalizó 1:1.​​

Arañando la primera división (2011-2016)

En la temporada 2010-2011, Boston River estuvo en su pico deportivo más alto, quedándose en la puerta de ascender a Primera División. Luego de una gran campaña, el equipo dirigido en aquel entonces por Marcelo Revuelta definió el último ascenso en dramáticos partidos ante el Cerro Largo FC: tanto el partido de ida en Melo, como la revancha en Montevideo fueron empate 2:2 (este último en el alargue).​ Finalmente el ascenso se decidió por tanda de penales, donde el equipo arachán logró mejor efectividad.

En los dos años siguientes (2012 y 2013) Boston fue eliminado en los play-off por el tercer ascenso por Miramar Misiones, en cuartos y semifinales respectivamente, y en el 2014 el verdugo del rojiverde fue Villa Teresa en cuartos de final. En temporada 2014-2015 nuevamente Boston River arañó el ascenso a Primera División. Una vez más (igual que 4 años atrás) accedió a la final del play-off, esta vez frente a Villa Teresa, y dirigido por Sergio Cabrera , otra vez el partido finalizó 2-2 y terminó cayendo por penales.​ A partir de 2015, el empresario venezolano Edmundo Kabchi (expresidente de Deportivo Táchira) tomó el control de la SAD.

Ascenso a Primera División (2016)

En 2016 el club logró el tan buscado ascenso. En la temporada 2015-16 Boston River logró asegurarse subir a Primera División a falta de una fecha de terminar el campeonato, tras vencer a Cerro Largo de visitante 1-0.​ El técnico siguió siendo Sergio Cabrera, pero al concretarse el ascenso el club contrató a Alejandro Apud para encarar la campaña en Primera División.

Boston River debutó en la máxima categoría el miércoles 30 de agosto de 2016 por el Uruguayo Especial de 2016. El partido se disputó en el Estadio de Trinidad (donde el club hacía de locatario desde unos años atrás), y Boston empató 1-1 frente a Defensor Sporting. El histórico primer gol fue convertido por Pablo Cepellini.​ Por la segunda fecha, Boston le propinó una dura goleada (5-1) a River Plate de visitante, anotando Federico Rodríguez cuatro goles en ese partido.​ Boston se mantuvo invicto hasta la octava fecha, cayendo con Wanderers (1-0),​ y finalmente culminó en sexta posición, coronando esta histórica campaña​ con la clasificación para la Copa Sudamericana.

Debut internacional (2017) y estabilidad en Primera (2016-hoy)

En 2017 Boston River retornó a Montevideo para efectuar la localía en el Estadio Nasazzi de Bella Vista. Por otra parte hizo su debut internacional enfrentando a Club Deportivo Comerciantes Unidos de Cutervo (Perú) en el Gran Parque Central con un marcador de 3-1 a favor y empatando en su visita a la ciudad de Huancayo, a más de 3200 metros de altura 1-1, logrando la clasificación a la siguiente fase con un resultado global de 4-2. Finalmente fueron eliminados en la ronda siguiente por Cerro Porteño de Paraguay.

En el Campeonato Uruguayo 2017, Boston River vuelve a realizar una buena campaña y finaliza nuevamente en la sexta posición, logrando por segundo año consecutivo clasificar a la Copa Sudamericana. En ese torneo volvió a repetir el éxito del año anterior al lograr avanzar la primera ronda, esta vez derrotando al Jaguares colombiano, pero vuelve a quedar eliminado en la segunda, ante el Banfield argentino.

A mediados de 2019, causó un revuelo la llegada de Sebastián Abreu al plantel,​ quien posteriormente se convertiría en entrenador y futbolista de forma simultánea.​A nivel de formativas, en 2020 logró coronarse campeón de todas las divisionales juveniles B, logro nunca alcanzado por otro club.​ Mientras tanto el primer equipo, ahora dirigido por Juan Tejera, lograba la salvación del descenso en la última fecha.​ El mal comienzo del campeonato 2021 llevó a que el Sastre cambiara de entrenador en la 8ª fecha, ingresando Ignacio Ithurralde. Con Ithurralde logran la salvación del descenso nuevamente en 2021 y en el 2022 logran su mejor campaña histórica hasta ese momento, finalizando en 4.ª posición y accediendo a la Copa Libertadores 2023. En la copa superan a Zamora de Venezuela pero caen ante Huracán de Argentina en la segunda fase.