Carlos Stein

2012: Fundación

El club fue fundado el 6 de marzo de 2012​ con el nombre de Asociación Fútbol Club Carlos Stein en el distrito chiclayano de José Leonardo Ortiz por un grupo de vecinos de la urbanización: Branagh Castañeda, Guillermo Terrones, Felipe Correa, Esteban Inga, entre otros, encabezada por Miguel Quesquén que decidió la creación de un equipo de fútbol que lleve el nombre del lugar donde nacieron y crecieron.

Empezó desde la tercera división de la Liga Distrital de José Leonardo Ortiz. Con el apoyo de vecinos y familiares de los propios futbolistas, ese mismo año se logró el ascenso a la segunda división de dicha liga.

2013-2016: Inicios

Para el año siguiente, en 2013, tras otra excelente campaña se pudo subir a la primera división distrital, logrando el derecho para competir en la Copa Perú.

Para la campaña del 2015 tuvieron algunos problemas financieros, los cuales no le iban a permitir continuar en primera. Sin embargo, apareció uno de sus fundadores, el señor Arturo Rodríguez, quien apoyó de manera económica al club para que este no desaparezca. De esta forma, en 2016, Carlos Stein logró su primer título distrital. A mediados de ese mismo año, Arturo Rodríguez sufrió un atentado que acabó con su vida, razón por la que se decidió que el equipo lleve su rostro en la camiseta, como muestra de agradecimiento por sus contribuciones al club.​

2017-2018: Primeras campañas en la Copa Perú

2017 fue el año en el que representó a Lambayeque en la etapa nacional de la Copa Perú 2017 luego de haber sido subcampeón distrital, subcampeón provincial y subcampeón departamental. En la etapa nacional, superó la fase regular eliminando en la primera ronda a Somos Olímpico de Lima y cayendo en la segunda ronda ante Atlético Grau de Piura.

En 2018 Carlos Stein salió campeón de la etapa provincial de Chiclayo y después quedó como subcampeón de la etapa departamental de Lambayeque. Esto nuevamente le permitió al equipo participar de la etapa nacional de la Copa Perú. Carlos Stein se mantuvo en la etapa regular sin embargo cayó en los repechajes de la primera ronda ante Deportivo Garcilaso del Cusco.

2019: Campeón de la Copa Perú y el ascenso a Liga1

En 2019, el conjunto carlista campeonó la liga distrital de José Leonardo Ortiz, nuevamente conquistó la Liga Provincial de Chiclayo y esta vez logró el título de la liga departamental de Lambayeque. No tuvo problemas para superar la fase regular de la Copa Perú 2019, derrotando después con un global de 7-1 a Deportivo Manaos en los dieciseisavos de final. En la etapa de octavos de final, el rival fue Miguel Grau de Abancay, que derrotó 3-0 a Carlos Stein, perdiendo en la vuelta 2-0. El resultado global eliminaba a Carlos Stein de la competición, sin embargo el club chiclayano presentó un reclamo por la participación de Jimmy Aguilar, jugador de Miguel Grau que estaba suspendido. El resultado fue modificado y Miguel Grau suspendido de la competición.​ En cuartos de final, Carlos Stein eliminó a Credicoop San Cristóbal de Moquegua por un global de 4-4, pasando por la regla del gol visitante y convirtiéndose en el primer clasificado a la finalísima de la Copa Perú.

En el cuadrangular final del campeonato, Stein empató 1-1 frente a Sport Estrella de Piura, derrotó 2-1 a Sport Chavelines de Pacasmayo y en el partido de definición empató 2-2 frente a Deportivo Llacuabamba de La Libertad, resultado que le dio el título al cuadro liberteño por diferencia de goles. Carlos Stein sin embargo presentó un reclamo por la indebida alineación del jugador Milton Bermejo y el 3 de diciembre de 2019, la Comisión de Justicia de la Federación Peruana de Fútbol finalmente dio por válido el reclamo, entregando el título de la Copa Perú 2019 al elenco carlista, lo cual significó el ascenso a la Primera División del Perú a partir de la temporada 2020.

2020: Debut en la Liga1 y descenso a la Liga2

En la Liga1 2020, Carlos Stein debuta en la fútbol profesional con una derrota 0-3 en casa contra su similar de Carlos Mannucci. Su primer gol recién llegaría en la fecha 4 en un 1-1 ante Deportivo Municipal, mientras que la primera victoria se daría en la fecha 6 con un sorpresivo 1-0 de visita a Sporting Cristal. Tras la vuelta por la pandemia de COVID-19, se cosecharía una pésima campaña tanto en la Fase 1 como en la Fase 2, de esa manera se compromete a luchar la permanencia durante el torneo. Finalmente contra todo pronostico, en la última fecha empata 1-1 con UTC y logra mantener la categoría con 27 puntos en el acumulado, dejando en ese momento en la Liga2 a Alianza Lima y Atlético Grau con 26 puntos cada uno en el acumulado. Sin embargo, Alianza Lima iría al TAS a realizar un proceso contra la FPF y Stein a partir de la sustentación del incumplimiento de pago a un jugador por parte del cuadro leonardino, la FPF había retrasado el pago de cierta televisora, la cual Stein pidió permiso a que se debía pagar después al jugador con la cual la FPF había finiquitado, el hecho que para Alianza Lima con las bases de comienzo de año se fue al TAS que es un ente externo desconocía la realidad peruana, tras el COVID-19 y no tener auspicio de la empresa consorcio, con lo que legalmente se le debió quitar puntos por parte de la Comisión de Licencias de la FPF.

El 17 de marzo de 2021, el TAS fallaría a favor de Alianza Lima, sentenciando que dicha Comisión debió dar sanción deportiva equivalente a la resta de 2 puntos al Carlos Stein, cuya aplicación debía ser inmediata. Por lo antes mencionado, cuyo carácter es inapelable y vinculante para las partes involucradas, conllevó a la modificación oficial de la Tabla Acumulada del 2020 de la Liga1, con lo cual a Alianza Lima le correspondió jugar la Liga1, mientras que al equipo chiclayano le correspondió disputar la Liga2 para la temporada 2021. Cabe señalar que el expediente le llegó a Stein de la quita de puntos en septiembre de 2021, con lo cual pudo apelar, pero como volvió a primera en aquella temporada quedó como una anécdota.