Cerro Largo

Fundación

A fines del año 2002 reunía a los clubes de la Asociación Departamental de Fútbol de Cerro Largo y a los de la Liga Regional de Fútbol de Río Branco con el objetivo de crear un equipo que representase al departamento en el Campeonato Uruguayo de la AUF. El 22 de noviembre de 2002, se funda, acta mediante, el Cerro Largo Fútbol Club con el apoyo de los 18 equipos de Melo (Artigas, Boca Juniors, Conventos, Deportivo Sauce, Ferrocarril, Fraile Muerto, Juventus, Melo Wanderers, Mendoza, Nacional, Naranjo, Olimpia, Peñarol, Porvenir, Racing, River Plate, San Salvador y Universal) y dos de Río Branco (Artigas y Olimar).​ La camiseta a bastones blancos y azules está inspirada en la que utiliza históricamente la Selección Departamental.

A comienzos del año 2003 la AUF aprobó el ingreso directo del club a la Segunda División Profesional.​

Primeros años

El primer partido de su historia fue el 3 de mayo de 2003 como local en el Estadio Municipal Arquitecto Antonio Eleuterio Ubilla, logrando su primera victoria por 2-1 ante El Tanque Sisley con dos goles de Gabriel Ramírez. Su primera victoria como visitante fue en la cuarta fecha de ese campeonato el 31 de mayo, 5-1 sobre Colón.​ Ese año terminó 9° en la tabla acumulada.

En la siguiente temporada tuvo una pobre actuación terminando en la 13ª posición de la Tabla General. Para el 2005 realiza una temporada mediocre finalizando 7°. En la primera mitad del 2006 se jugó un Torneo Especial a una sola rueda con la finalidad de acomodar el calendario futbolístico uruguayo con el europeo. Otra vez realiza una campaña irregular que lo deja en la 8ª posición.

Para la temporada 2006/2007 con Juan Jacinto Rodríguez como DT, comenzaría a ser protagonista terminando 2° en la Tabla Anual, detrás de Fénix que ascendió sin ganar ninguno de los torneos cortos. Definió el Tercer ascenso frente a Juventud, campeón del Clausura, que venía de perder una oportunidad de ascender ante Cerro, campeón del Apertura. El partido de ida en Las Piedras fue 0-0 y la revancha en la ciudad de Treinta y Tres, ya que Cerro Largo tenía suspendido su estadio terminó 1-1 y en el alargue Juventud logró el 2-1 y se quedó con el ascenso.​

Ascenso y Primera División

Al año siguiente fue contratado Danielo Núñez como técnico y el equipo nuevamente termina 2° en la Tabla Anual detrás de Racing, obteniendo el derecho de disputar el segundo ascenso contra Cerrito, campeón del Clausura. La ida fue en el Estadio Parque Luis Méndez Piana en Montevideo con victoria para Cerro Largo por 2-0. la vuelta en Melo también fue victoria arachana por 3-2 logrando así el ascenso a Primera División.​

En la temporada 2008-2009 con Wilmar Cabrera como técnico realiza su debut en Primera División frente a Danubio en Melo con una derrota 1-0. La primera victoria en la división de privilegio llegó en la 11ª fecha del Apertura cuando venció de local a Villa Española por 2-0. Después de realizar un mal Apertura consigue mejores resultados en el Clausura, incluyendo un empate 2-2 frente a Nacional en el Gran Parque Central y un 3-2 frente a Defensor en el Arquitecto Ubilla. Lo que le alcanzó para permanecer por décimos de puntos en Primera División.

Para el Campeonato 2009-2010 continúan las irregularidades y después de dos temporadas Cerro Largo desciende en la 14ª fecha del Clausura.

Breve regreso a Segunda División

Nuevamente con Danielo Nuñez como técnico reemprende la lucha por volver a Primera. El Campeonato Uruguayo de Segunda División 2010-11 fue un torneo único a dos ruedas. Cerro Largo se ubica 6.º accediendo a la eliminatoria para decidir el tercer ascenso. Tras ganarle la semifinal a Atenas 1-0 tanto en Melo como en San Carlos, llega a la final contra Boston River. La ida se jugó en Melo y terminó en empate 2-2. La vuelta jugada en el Estadio Charrúa de Montevideo terminó 1-1. En el alargue el marcador se modificó para marcar otro empate 2-2. En la definición por penales, Ramiro Bentancur, arquero de Cerro Largo se lució atajando dos penales para así ganar por 5-4 y lograr el segundo ascenso. El delantero Simón Pagua resultó clave, al anotar goles en los cuatro partidos disputados durante los play-offs.

Retorno a Primera y clasificación a la Copa Sudamericana

Nuevamente en Primera División para la temporada 2011-2012 llegaría una campaña histórica para el club. Por primera vez lleva a un equipo grande a su Estadio, en este caso a Peñarol, con quien empató 0-0 por el Torneo Apertura obteniendo sus primeros puntos en la historia ante dicho rival. Por su parte el otro equipo grande del fútbol uruguayo, Nacional, visitó el Ubilla por primera vez el 31 de marzo de 2012, partido que terminó con victoria del Cerro Largo 4 a 2; siendo además la primera victoria arachana ante uno de los grandes. Como curiosidad del partido, el Cerro Largo ya ganaba 3:0 apenas iban solo 14 minutos de juego.​

Gracias a solo haber perdido 2 partidos y empatar otros 2 de local en toda la temporada logró el 5° lugar en el Torneo Apertura 2011 y nuevamente el 5° en el Torneo Clausura 2012 para alcanzar la 4ª posición en la Tabla Anual y así clasificar por primera vez en su corta historia a la Copa Sudamericana, siendo el primer equipo del Interior en lograrlo, el segundo en clasificar a un torneo importante organizado por la Conmebol, luego de que Rocha FC participara de la Copa Libertadores 2006. Claves en el equipo resultaron los goles de Rino Lucas y del juvenil Sebastián Sosa (hijo del "Mosquito", gerente deportivo del club) que al finalizar la temporada fue transferido al Palermo de Italia.

En la primera Fase de la Copa Sudamericana 2012 le tocó enfrentar al Club Aurora de Bolivia. El partido de ida fue una derrota 2-1 en el Estadio Félix Capriles en la altura de Cochabamba. Santiago Barboza marcó el primer tanto a nivel internacional. La vuelta se realizó en un remozado Estadio Arquitecto Ubilla, pese a esto el partido terminó 0-0 quedando eliminado.

Posteriormente al ascenso y Copas Internacionales

A nivel local, la campaña 2012-13 resultó la peor de la historia, finalizando 16.º (última posición) con 27 puntos, comprometiendo mucho el futuro del club en cuanto a la permanencia en Primera División, por su peligrosa posición de inicio en la Tabla del Descenso.