Cimarrones

Los Cimarrones de Sonora nacieron el año 2013, cuando los "Rayos" del Poblado Miguel Alemán FC lograron el campeonato de la Tercera División de México y concretaron así su ascenso a la Segunda División.​ Tras el ascenso a segunda y teniendo como meta llegar a la Liga de Ascenso de México, empresarios, políticos y patronatos de origen hermosillense, encabezados por Edmundo Ruiz Gómez, adquirieron la franquicia en su totalidad, ya que esta contaba con un convenio con el Club Necaxa.​

Tras suceder esto, la Federación Mexicana de Fútbol Asociación le comunicó a los empresarios que la franquicia no tenía la aprobación para participar en la comisaría Miguel Alemán, ya que no contaba con los requerimientos mínimos de infraestructura, hotelería, transporte, etc. Fue entonces cuando los directivos decidieron trasladar la franquicia a Hermosillo, cambiando el nombre del club a "Cimarrones de Sonora" y teniendo como técnico a Enrique Ferreira.​

Fue así como el 10 de agosto el equipo jugó su primer partido en la Segunda División ante las Águilas Reales de Zacatecas, el cual terminó con el marcador empatado a cero goles.​ El 30 de agosto se registró la primera victoria al derrotar 2-1 a los Vaqueros de Ameca. Como resultado de su primer torneo, el Apertura 2013, el equipo terminó en la posición 17 de la tabla general. El siguiente torneo acabó de nuevo en la posición 17.

En el Torneo Apertura 2014 con Ángel Monares como técnico, el equipo mejoró significativamente. Terminó como líder del Grupo 1 de la Liga Premier y 4.º lugar general de la Segunda División. Cimarrones disputó la final contra la Universidad Autónoma del Estado de México. En el juego de ida Cimarrones salió vencedor 1-0 ante un estadio Héctor Espino a su máxima capacidad, sin embargo, en el partido de vuelta los Potros UAEM vencieron a los sonorenses en el estadio Alberto "Chivo" Córdoba por marcador de 2-0 en tiempos extras, terminando los Cimarrones como subcampeones del torneo.​

En el Clausura 2015 se cambió nuevamente de técnico y llegó Jorge Humberto Torres.​ El equipo terminó en la cuarta posición de la tabla general y fueron eliminados en semifinales por los Loros de la Universidad de Colima.​

Liga de Ascenso

El 29 de mayo de 2015, tras anunciarse la expansión de la Liga de Ascenso, se anunció que los "Cimarrones" jugarían a partir del segundo semestre del año, en la división de plata. Asimismo en torneo apertura 2016 clasificaron por primera vez a la liguilla en séptimo lugar, jugando contra Mineros de Zacatecas, empatando en el global 4-4, pero por goles de visita, clasificó Mineros.​

En el Torneo Apertura 2018 el Rebaño de la Montaña clasificó a la Liguilla de Ascenso situándose en el cuarto lugar de la tabla general, pero fueron eliminados por el Atlético San Luis en cuartos de final, luego de que el partido de ida, jugado en el Estadio Alfonso Lastras quedara 0-0, al jugarse el partido de vuelta los visitantes se llevaron la victoria, quedando el marcador 3-1. Esto ha sido lo más lejos que ha llegado el cuadro sonorense en su estancia en el circuito de plata del fútbol mexicano.

Para el Torneo Clausura 2017, los Cimarrones jugaban por primera vez desde su fundación la Copa MX, situándose en el grupo 1 junto a Club Xoloitzcuintles y Correcaminos de la UAT. Para el Torneo Apertura 2017 , los Cimarrones de Sonora jugaron en el Grupo 8 de la Copa MX junto a Club de Fútbol Pachuca y Querétaro. En la edición del Clausura 2019 quedó en el grupo 8 con el Club Guadalajara de Primera División y Cafetaleros de Tapachula de Liga de Ascenso.

Liga de Expansión

Después de la cancelación del Torneo Clausura 2020, la Federación Mexicana de Fútbol y la Liga MX decidieron desaparecer la categoría de ascenso por la inestabilidad económica que presentaban los equipos. Es así que para el Torneo Apertura 2020 nace la nueva Liga de Expansión MX.

El martes 18 de agosto de 2020 se ofició por primera vez un encuentro de la nueva Liga, enfrentándose en el Estadio Akron de la ciudad de Zapopan el Club Deportivo Tapatío y Cimarrones de Sonora FC. El resultado del encuentro fue de 2-0 a favor del equipo sonorense, convirtiéndose así en el primer club en ganar un partido en la historia de la Liga de Expansión MX.​A lo largo de su andadura en la Liga de Expansión el equipo se convirtió en un habitual de las liguillas, llegando a ser subcampeón en el Torneo Clausura 2022 en donde fueron derrotados por el Atlético Morelia.​

Liga Premier

Aunque el equipo funcionaba en el plano deportivo, no lograba atraer suficiente apoyo por parte de la afición, por lo que al finalizar el Torneo Clausura 2024 la directiva decidió poner en venta el certificado de afiliación del club en la Liga de Expansión por las pocas ganancias que generaba, sin embargo la continuidad de los Cimarrones fue asegurada a través de los equipos representativos que el club mantenía en la Liga Premier - Serie A y en la Liga TDP.​ En el mes de junio la franquicia de Cimarrones en la Liga de Expansión fue adquirida por empresarios chiapanecos con el objetivo de recuperar a los Jaguares de Chiapas.​ Finalmente, el 12 de julio la compra no recibió los votos necesarios de aprobación en la asamblea de dueños de la liga, por lo que finalmente la franquicia que había pertenecido al club Cimarrones fue congelada por la liga en espera de mejores condiciones para su operación.​

En junio de 2025 la directiva de Cimarrones recibió una oferta de compra por parte del Club Jaiba Brava, para que este equipo se convirtiera en miembro de pleno derecho de la Liga de Expansión ocupando la franquicia del equipo sonorense, sin embargo, el acuerdo fue bloqueado por la asamblea de dueños de la liga.​ Un año después se realizó otra oferta, la cual sí recibió la aprobación de los propietarios de los demás equipos, por lo que Cimarrones dejará su lugar en la división de plata al equipo de Tampico-Madero a partir del Torneo Apertura 2026.​

A finales de julio de 2026, luego de que se confirmara la desaparición del ascenso y descenso en el futbol mexicano, los Cimarrones de Sonora se contactaron con sus abonados para informarles sobre la suspensión de su participación en la Liga Premier FMF y el reembolso de sus abonos.​​

Desaparición

El 20 de agosto de 2026 se publicaron los grupos y zonificación de la Tercera División de México, liga en la que se esperaba que participara, debido a que tan solo un mes atrás había declinado de participar en la Segunda División de México. Sin embargo, el club no apareció en el Grupo XVIII correspondiente a los Estados de Sonora, Chihuahua y Baja California.​

Por lo tanto, a partir de entonces se confirmó la desaparición definitiva del club en el fútbol mexicano.