Cusco

2009: Fundación

Fue fundado el 16 de julio de 2009 bajo el nombre de Asociación Civil Real Atlético Garcilaso por una iniciativa de Julio Vásquez Granilla en la ciudad del Cusco. El club es uno de los equipos peruanos que cuenta con una sede institucional propia denominada Casa Dorada, ubicada en la urbanización Huancaro. En 2012 adquirió un terreno de 40 hectáreas en el distrito de Oropesa, donde viene construyendo su estadio y su sede social.​

2009-2010: Primeras participaciones

En su primer año en la Segunda División Distrital del Cusco, salió campeón, con lo cual ascendió a la Primera División Distrital. El primer partido del cuadro celeste fue el 6 de septiembre de 2009, derrotando por 5-2 a Cedecam World Vision.​ De esta forma, podía participar en la Copa Perú.

Durante el año 2010 fue campeón distrital, provincial, y departamental del Cusco. En ese mismo año llegó hasta la Etapa Nacional de la Copa Perú, donde fue eliminado por el Sportivo Huracán de Arequipa.

2011: Campeón de la Copa Perú y el ascenso

Previo al inicio de su participación en la Copa Perú, los celestes disputaron el Torneo Intermedio, en donde llegaron hasta los cuartos de final siendo eliminados por Sport Áncash. Sin embargo eliminaron a equipos importantes como el Deportivo Garcilaso, Cienciano y Universidad Técnica de Cajamarca.

Inició su recorrido en la Copa Perú 2011 desde la Etapa Regional, ya que el año anterior había sido eliminado en la Etapa Nacional. En su grupo, quedó primero y accedió a la Etapa Nacional por segunda vez en su historia.

Inició la Etapa Nacional eliminando al Unión Minas de Orcopampa luego de empatar 0-0 en Orcopampa y ganar 4-2 en Cusco. Después eliminó al equipo que lo dejó fuera de carrera el año anterior, Sportivo Huracán, por un global de 3-2: ganó 3-0 en Cusco y perdió 2-0 en Arequipa. En semifinales, superó al Alianza Universidad por un marcador global de 4-3, luego de ganar 2-0 en Cusco y caer por 3-2 en Huánuco. En la final, se coronó campeón en el Estadio Alberto Gallardo de Lima, tras caer 1-0 ante Pacífico FC y haber ganado 3-1 en Cusco. De esta forma Real Garcilaso accedió por primera vez a la Primera División del Perú.​​

2012: Subcampeón Nacional en su debut profesional

Inicia su participación en el Campeonato Descentralizado 2012 bajo la conducción técnica de Fredy García. Culminó las 44 fechas con 82 puntos: 24 partidos ganados, 10 empates y 10 derrotas, quedando primero en la Liguilla B que le dio el derecho a jugar los Play-Off frente a Sporting Cristal.

El partido de ida, jugado en el Estadio Inca Garcilaso de la Vega lo ganó Sporting Cristal con gol de Junior Ross.​​ El partido de vuelta, jugado en el Estadio Nacional fue ganado nuevamente por los cerveceros por la mínima diferencia.​​​ Es así como La Máquina Celeste obtiene el subcampeonato de la Copa Movistar y la clasificación, por primera vez en su historia, a la máxima cita continental: la Copa Libertadores 2013.

Copa Libertadores 2013

Inició su participación en la Copa Libertadores 2013 en el grupo 6 junto con Cerro Porteño, Independiente Santa Fe y Deportes Tolima. El primer partido de fase de grupos fue un empate de local ante Independiente Santa Fe.​​ En lo que significó su segundo partido en la Copa Libertadores y el primero en el exterior, Real Garcilaso logró un importante triunfo ante Cerro Porteño.​​​ En lo que significó su segundo partido en el exterior Real Garcilaso vuelve a hacer historia al ganarle a Deportes Tolima.​​

Luego de caer goleado 3-0 en Cusco por Deportes Tolima, el equipo de Petróleo García se repuso y muestra de ello fue la goleada por 5-1 que le propinó a Cerro Porteño.​​ En el último partido de la fase de grupos Real Garcilaso perdió con Independiente Santa Fe, a pesar de la derrota el equipo cusqueño se clasificó a los octavos de final de la Copa Libertadores con diez puntos.​​​

En octavos de final, en el partido de ida, venció al Nacional de Montevideo por 1-0 en el Cusco, con gol de Rolando Bogado.​​ En el partido de vuelta, jugado en el mítico Centenario, el equipo charrúa venció al equipo incaico por la mínima diferencia. Dada la igualdad a 1 en el global, para lograr al desempate, se fueron a los tiros penales directamente, sin jugarse ningún tiempo suplementario. El resultado fue 4-1 a favor de Real Garcilaso. De esta manera, el equipo revelación de esta edición del torneo continental, avanzó a cuartos de final.​

En cuartos de final, la ciudad imperial del Cusco vio caer al Real Garcilaso por 1-3 ante el Independiente Santa Fe en el partido de ida. En el partido de vuelta jugado en Bogotá, fue ganado nuevamente por el equipo colombiano por 2-0, de esta manera finaliza su participación en la Copa Libertadores 2013 quedando entre los ocho mejores equipos de Sudamérica.

Subcampeón Nacional 2013

Inicia su participación en el Campeonato Descentralizado 2013 bajo la conducción técnica de Fredy García. Culminó las 44 fechas con 77 puntos: 22 partidos ganados, 12 empates y 10 derrotas, quedando primero en la Liguilla A que le dio el derecho a jugar nuevamente los Play-Off frente a Universitario.

El partido de ida, jugado en el Estadio Municipal de Espinar ubicado en Yauri lo ganó Real Garcilaso 3-2.

El partido de vuelta, jugado en el Estadio Monumental lo ganó Universitario 3-0.

El tercer partido se jugó en el Estadio Huancayo donde el Club merengue se lleva el título en penales por 5-4, después de empatar 1-1 en el tiempo reglamentario.

Es así como La Máquina Celeste obtiene nuevamente el subcampeonato de la Copa Movistar y la clasificación a la Copa Libertadores 2014.

Según el ranking de clubes de la IFFHS, el club Real Garcilaso fue el mejor equipo peruano entre 2012 y 2013. Su puesto a nivel mundial en el 2013 fue el 103.​

2014-2016: Campañas regulares

Para la Copa Libertadores 2014 quedó emparejado en el Grupo 5 junto a Defensor Sporting, Cruzeiro y la Universidad de Chile iniciando con una victoria 2-1 ante Cruzeiro siendo esta una hazaña que no pudieron repetir en sus siguientes partidos, al final con solo 3 puntos fueron eliminados, todos sus partidos los jugó en la ciudad de Huancayo. Entretanto en el Campeonato Descentralizado 2014, no tendría una campaña esperable y culminarían en la décima posición, quedándose fuera de cualquier torneo internacional por primera vez en su instancia en la Primera División.