Flandria

En 1928 el empresario algodonero de origen belga Julio Steverlynck establece una fábrica en Jáuregui, perteneciente a la ciudad de Luján, donde trabajaba una gran cantidad de inmigrantes europeos. Estos formaron un equipo de fútbol y disputaron sus primeros partidos contra el club Jauregui Juniors y combinados de Lujan y Mercedes. Durante la llamada "Década Infame" lucían una casaca con franjas verticales bajo el nombre de Flandria. Para 1935, pasó a llamarse Villa Flandria.

El 9 de febrero de 1941, en una reunión extraordinaria de vecinos de Jáuregui en el salón Rerum Novarum, se propuso a la población que la institución agrupe a sus familias mediante actividades culturales y la práctica de deportes. Luego, se designó la primera comisión directiva del club Flandria, presidida por José Delesie, que estaba integrada por los siguientes miembros: Armando Galcerán (Secretario), Abel Etchart (de Actas), Alberto Perazzo (Tesorero) y Norberto Dezarnaud (Pro). Ese mismo año el Club obtendría el título en la Liga Lujanense. Los primeros encuentros de local eran disputados en la cancha Municipal de Luján. Volvió a consagrarse campeón de la Liga Local en 1944.

En 1946 se le concedió la personería jurídica. En 1947 se afilió a la AFA y comenzó a participar de la Tercera de Ascenso. Una vez afiliado a la AFA, en su primer partido oficial Flandria obtiene la victoria, en un cómodo 5 a 3 ante Alumni de Villa Urquiza con goles de Caricatto, Brando, Cabral y Folgueira en dos ocasiones. Caricatto se convertiría así en el autor del primer gol oficial en la historia aurinegra.​

La primera vez que Flandria hizo las veces de local en un torneo oficial AFA fue enfrentando a San Telmo y el encuentro finalizó 1 a 1 con gol de Holvoet. Ese partido se jugó en la cancha del Chano, actual cancha de fútbol infantil del colegio San Luis Gonzaga, que también se encuentra en Jáuregui, la cual reemplazaba al viejo predio emplazado al costado del Teatro Rerum Novarum que se usaba previamente como cancha local. Así en su primera incursión en el fútbol profesional obtuvo 19 puntos en 30 fechas.​

En 1952 el Canario se consagra campeón y obtiene el ascenso a la Primera C, donde realiza exitosas campañas en 1953 y 1957 en las que logra el subcampeonato detrás de El Porvenir y Defensores de Belgrano.

Flandria es de la "B"

En el año 1972 el club obtuvo el ascenso a la Primera Divisional B (segunda categoría de AFA en aquel entonces).​ El logro llegó merced al subcampeonato obtenido con 57 puntos, a cuatro del campeón Defensores de Belgrano. Pero el segundo lugar no fue en soledad, ya que Sarmiento de Junín logró los mismos puntos y el segundo ascenso debió dirimirse en una verdadera final, jugada el 12 de diciembre de 1972 en el estadio de Ferrocarril Oeste. El canario de Jáuregui, acompañado de una verdadera multitud entre la que se incluía su mentor don Julio Steverlynck, venció 3-1 con dos goles de Nocella y uno de Apariente.

Luego de salvarse del descenso en 1976, al año siguiente conseguiría su mejor campaña histórica. Cuando en 1977 quedó a 8 puntos de ascender a la Primera División. Logró 40 unidades y terminó en la quinta posición. Dos años después, en 1979 y tras terminar en el último puesto, el club retornó a la Primera C.

La década de 1980 fue una década sumamente magra deportivamente, salvo los años 1983 y 1985, donde el equipo ingresó al reducido, pero sin éxito.​

A principios de la década de 1990 el club pasa por sus peores horas en lo institucional, tras la convocatoria y cierre de la Algodonera, el club no tuvo asegurada su supervivencia y caminó por un tiempo en la cornisa de la quiebra y la desafiliación. No obstante, en lo deportivo las campañas son aceptables para la mantenerse en la cuarta categoría. Ingresa al reducido en las Temporadas 1994/95, 1995/96 y 1996/97.

Años dorados

En 1998 volvió a la B Metropolitana, tras ser campeón del Torneo Clausura 1998 y ganar las finales ante Ituzaingó con un contundente resultado global de 5-0.​ La primera temporada en la nueva categoría lo encuentra haciendo un aceptable Apertura (22 puntos en 17 PJ) y desmejora en el Clausura (19 puntos en 17 PJ). No obstante el desempeño le permite cerrar la temporada 1998-99 en 13° lugar de 18 equipos con 41 puntos, y con relativa comodidad respecto a los promedios.

En la 1999-00 el equipo de Santorelli se transforma en la sorpresa del certamen. Con una gran regularidad, termina 4° con 53 unidades en 34 PJ (13 PG, 14 PE, 7 PP). El equipo termina a solo 7 unidades del ganador del torneo, aunque en el reducido la ilusión queda trunca rápidamente: caída sin atenuantes 0-3 ante Defensores de Belgrano a pesar de tener la localía y la ventaja. En 2000-01 termina 17° con 34 unidades en 38 PJ. A pesar de ser una floja campaña, el buen trabajo de la temporada anterior le otorga tranquilidad respecto al descenso.

En la temporada 2001-02 volvió a estar en instancias definitorias para el ascenso a la B Nacional: logró acceder al reducido de ascenso tras un 9° puesto, perdiendo contra Sportivo Italiano en octavos de final.​ En 2002-03 termina en los puestos de abajo, 18° con 38 puntos en 36 PJ. En 2003-04 logra mejorar su campaña de dos años atrás, llegando en el 6° puesto con 71 puntos en 42 PJ, pero por el formato de la competición no disputa ninguna instancia definitoria.

De allí en adelante el equipo no pudo repetir buenos rendimientos en la categoría, deambulando alternativamente entre la mitad de la tabla y la pelea por la permanencia: fue 18° con 37 puntos en 40 PJ en la 2004-05, 15° con 43 puntos en 34 PJ en la 2005-06, 18° con 46 puntos (22 Apertura y 24 Clausura) en 42 PJ en la 2006-07 y 14° con 49 puntos en 40 PJ en la 2007-08.

La temporada 2008-09 dejó al canario en la 14.ª posición, manteniéndose alejado del descenso. La siguiente temporada halló a un Flandria en problemas, se acercaba el final del torneo y se mantenía próximo a las plazas de descenso. Aunque sumó tan solo 40 puntos, a fuerza de un Andrés Montenegro imparable que marcó 18 goles en la temporada, a través de un partido desempate contra San Telmo condenó a su rival a jugar la promoción y logró conservar la categoría.

La temporada 2009-10 y la 2010-11 siguieron lo que sería una constante en los siguientes años, campañas agónicas, sumando muchos puntos en las segundas partes de torneo, para escaparle al fantasma del descenso. La 2011-12 dejó a Flandria en una posición más holgada, quedando a tan solo 5 puntos del reducido y tomando un poco de distancia de la zona caliente de descenso.