Jaguares de Chiapas

Los Tiburones Rojos de Veracruz (Campeón en el Invierno 2001, Primera División 'A') perdieron ante San Luis FC (Campeón en el Verano 2002, Primera A), la posibilidad de ascender a la Primera División, pero jugaron una promoción contra el Club León (el cuadro Esmeralda ocupó el último lugar de la tabla porcentual de la Primera División). El juego de ida se celebró el 29 de mayo de 2002 en el Estadio Luis "Pirata" Fuente, los Tiburones Rojos ganaron 3-1;​ el 1 de junio, en el juego de vuelta, el marcador fue 0-0, así lograron el ascenso y con esto, por un breve período el puerto jarocho contó con dos equipos en el Máximo Circuito, pues 6 meses antes el Club Irapuato había sido trasladado a Veracruz por motivos administrativos.

Grupo Pegaso, decidió respetar el ascenso del cuadro original de los Tiburones Rojos y mover la franquicia que durante la temporada 2001-2002, ocupó las plazas de Irapuato y Veracruz.

El 27 de junio de 2002, en el Centro de Convenciones del Polifórum Mesoamericano, en Tuxtla Gutiérrez, Alejandro Burillo Azcárraga –Presidente de Grupo Pegaso–, en compañía de Pablo Salazar Mendiguchía –Gobernador del estado– y directivos de fútbol, anunció que el estado de Chiapas tendría un equipo de fútbol en la Primera División, el cual se llamaría Jaguares de Chiapas FC.

«El proyecto que el Grupo Pegaso inicia hoy en Chiapas es mucho más que un proyecto de fútbol, es un proyecto de vida, de futuro, deportivo, social, económico...», mencionó el gobernador ante la presencia de Alejandro Burrillo Azcárraga, Miguel Ángel Couchonal y José Antonio García. ​

Debut en Primera División: 2002-2003

El calendario indicaba que el debut de Jaguares sería en casa, recibiendo a Tigres de la UANL, pero la remodelación y ampliación del Estadio Víctor Manuel Reyna, aún no había concluido; al final se determinó que el Estadio Azul albergaría el encuentro.

El 3 de agosto a las 19:00 h (tiempo local), los Jaguares debutaron en la Primera División de México. Salvador Capitano, primer entrenador del club chiapaneco, mandó a la cancha a: Adrián Zermeño, Omar Monjaraz, Pedro "Cabo" Sarabia, Miguel "Jalisco" Gutiérrez, Ricardo Cadena, Joaquín Hernández, Joaquín "Jaibo" del Olmo, Carlos Sánchez Laureano, Jesús Córdoba, Gustavo "Gusano" Nápoles y Julio César Yegros.

El partido finalizó con marcador de 1-3 a favor de Tigres; el primer gol en la historia de Jaguares fue obra del argentino Lucio Filomeno, a 8 minutos de terminar el encuentro.

Tras un empate ante Tuzos del Pachuca en el Estadio Hidalgo, llegaría la Jornada 3 y el Estadio Zoque acogería por primera ocasión un partido del Máximo Circuito; el 17 de agosto a las 15:30 h (tiempo local), Jaguares recibió al Club Deportivo Guadalajara; el marcador finalizó 1-1, Omar Bravo adelantó a las Chivas Rayadas, en tanto que Felipe Ayala, anotó el gol del empate al minuto 62. ​

En la Jornada 4, los Jaguares vencieron en calidad de visitante a San Luis FC (0-1, gol de Lucio Filomeno al minuto 61), consiguiendo así su primer triunfo en la historia. En la siguiente Jornada, en casa, doblegaron 2-0 a Club Santos Laguna.

En la Jornada 12, Jaguares visitó a Toluca y se fue adelante en el marcador con tanto de Joaquín "Jaibo" del Olmo, gol que significó el número 50 mil en la historia de los campeonatos mexicanos; al final, los Diablos Rojos ganaron 5-1.​

Después de 12 Jornadas y tras obtener 10 de 36 puntos en disputa, Salvador Capitano fue cesado y su lugar fue ocupado por el estratega chileno Jorge Garcés (extécnico del seleccionado de su país).

Al concluir el Apertura 2002, Jaguares se ubicó en el lugar 19 –de 20 equipos–, sumando 16 puntos producto de 3 victorias, 7 empates y 9 derrotas; Julio César Yegros y Alejandro "Hueso" Glaría, fueron los mejores anotadores con 5 goles cada uno.

En el Clausura 2003, un equipo habría de descender a la Primera División 'A', así que Jaguares, Club Puebla y Colibríes de Morelos, pelearían por su permanencia.

Después de 9 Jornadas y tras conseguir únicamente 8 puntos, "El Peineta" Garcés fue cesado y Sergio Bueno (en compañía de René Isidoro García –auxiliar– y Jorge Víctor Franco –preparador físico–), fue presentado como el nuevo timonel de los felinos.

Los resultados no fueron los mejores y tras perder un duelo vital contra Colibríes en el Estadio Zoque (0-1), Jaguares tenía la necesidad de sumar los últimos 6 puntos en disputa para salvarse y además, que los de Morelos no sumaran más. Finalmente, las combinaciones se dieron y Jaguares venció de visitante a Cruz Azul (0-1, gol de Lucio Filomeno al minuto 9) y en el Zoque, derrotó 1-0 a Tecos (gol de Gilberto Mora al minuto 84); en tanto que Colibríes perdió de visita ante Morelia (3-1) y empató 0-0 contra Cruz Azul, en el Estadio Mariano Matamoros. ​

Al finalizar el torneo, Jaguares se ubicó en el lugar 17 –de 20 equipos– de la tabla general, sumando 19 puntos, producto de 5 victorias, 4 empates y 10 derrotas; en la tabla de cocientes, el club ocupó la posición número 18, por arriba de Club Puebla (19) y Colibríes (20).

2003-2006

El 5 de julio de 2003, José Luis Trejo (Juan Manuel Álvarez –auxiliar– e Iván Quintana –preparador físico–), asumió el cargo de director técnico de Jaguares de Chiapas. ​

Omar "Gato" Ortiz, Francisco Muñoz Barba, Sergio Almaguer, Luis Romero, Francisco "Burra" Ramírez, Salvador Vaca, Jorge Manrique, Néstor Gutiérrez, José de Jesús "Chuy" Gutiérrez, David "Popeye" Oliva, Joel "Huevo" Soto, Fernando Martell y Salvador Cabañas, se sumaron al equipo.

En el verano del 2003, en el césped del Estadio Zoque, se celebró la primera edición de la Copa Chiapas, en donde el club anfitrión venció en la final a los Potros de Hierro del Atlante por marcador de 4-1.

Al concluir el Apertura 2003, Jaguares se ubicó en el lugar 16 –de 20 equipos– de la tabla general, sumando 21 puntos, producto de 5 victorias, 6 empates y 9 derrotas.

En diciembre de 2003, Jaguares fue vendido por Grupo Pegaso a empresarios locales, encabezados por Antonio Leonardo Castañón (CEO de Farmacias del Ahorro).

Para el siguiente torneo, al equipo llegaron: Adrián García Arias, Omar Rodríguez, Heriberto Morales, Irving Rubirosa, Everaldo Barbosa, Luis Hernández y Sebastiao Pereira "Didí".