Leon de Huanuco

León de Huánuco fue fundado el 29 de junio de 1946 por un grupo de personas y aficionados al fútbol bajo la dirección de Luis Alberto Marroquín Andía en las instalaciones del Colegio Gran Unidad Escolar Leoncio Prado (antes Colegio de Minería),​ con el único objetivo de promover la práctica del deporte entre los alumnos y profesores del mencionado colegio. Al año siguiente se afilió a la liga provincial bajo la presidencia de Augusto Alvarado.​ Con el paso del tiempo se convirtió en el equipo orgullo y patrimonio de la ciudad de Huánuco.

Era Amateur

Empezó su participación futbolística en la liga de su ciudad; en la década de los 60 se vivía una gran efervescencia futbolística en Huánuco, durante la cual surgieron figuras a nivel departamental y regional teniendo como principal protagonista al León en los torneos de la Copa Perú, fruto de esto el club logra clasificarse a la final de la Copa Perú del año 1972 conformado únicamente por jugadores de la región,​ en donde luego de una gran campaña se consagra subcampeón y de acuerdo con la reglamentación vigente ese año logra su ascenso a la primera división del Fútbol peruano, Javier "El Cholo" Fano fue el máximo referente de este equipo y goleador de la final con 5 goles.​

Inicios en la Era Profesional

El año 1972 militó en el fútbol profesional con jugadores netamente huanuqueños, .estuvieron ese tiempo: Miguel Ortiz, José Lugo, César Ponce, José Fernández, Pedro Bermúdez, Carlos Follegati, Germán Lara, Juan Cabanillas.​

El conjunto crema se convierte desde el inicio del torneo en un difícil rival para los grandes cuadros del balompié peruano en su fortín del llamado entonces Estadio Modelo de Huánuco (hoy Heraclio Tapia León). Estos fueron los años más gloriosos del fútbol peruano por lo que este escenario fue testigo del paso de grandes figuras del fútbol sudamericano y mundial como Teófilo "El Nene" Cubillas, Héctor Chumpitaz, Hugo "El Cholo" Sotil entre los más grandes. Durante esos años destacaron en el equipo Manuel "Kerosene" Rodríguez, Javier Fano, Germán Lara, Fernando "Muchachito" Guerrero, Máximo Falla, César Martínez, César Arnáez, David "Cucharita" Arévalo, Luis Sandoval, Pedro Vilchez, Raúl Gorriti, Luis Pérez y los goleros Chacaltana, Pedro Bermúdez "Zegarra" y Mitiguel Sinti.​ El mítico Julio Meléndez también vistió la divisa del León de Huánuco los años 1978 y 1979 haciendo las veces de jugador y entrenador.​

Primer descenso, título de la Copa Perú y segundo ascenso

El conjunto crema se mantuvo en la primera división hasta el año 1979 en la que perdió por primera vez la categoría al quedar en el último puesto de la eliminatoria por la baja en el que enfrentó a Colegio Nacional de Iquitos de Iquitos y Juventud La Palma de Huacho.​

Luego de este traspié, el equipo huanuqueño se recupera rápidamente y el año 1980 se corona campeón de la Copa Perú tras ganar de manera invicta la liguilla final.​ El plantel campeón alineaba con Mitiguel Sinty; José "Leche" Pérez, Manuel Chávez, César Tagle y Gérman Lara; Enrique Chávez, Freddy Ternero y Aurelio Real; Miguel Kulisic, Ricardo Garrido y Eduardo Rivera. Miguel Kulisic fue el goleador del torneo con 8 goles.​ El equipo estaba dirigido por Julio Gómez y ascendería nuevamente a la primera división militando por espacio de 3 años.

El año 1981 el club realiza una buena campaña quedando ubicado en el quinto lugar,​ contando con la presencia de jugadores consagrados como César Adriazola, David Zuluaga, Fernando Cuéllar, Freddy Cañamero, Alejandro "Torito" Luces en sus filas.

Segundo descenso y participación en Zona Regional Centro

El año 1983 el equipo descendió al quedar en el último puesto del Torneo Descentralizado.​

El año 1984 se cambian las bases y estructuras del campeonato de primera a torneos regionales en lugar del tradicional torneo descentralizado, los mejores equipos de cada zona disputaban la liquilla final por el título; el club crema es invitado a participar en la Zona Centro en el año 1985, disputando los torneos sin lograr en ninguna de sus participaciones clasificar a las liquillas finales y sin más ambiciones que librarse del descenso a su liga de origen.​

El año 1991 la presidencia es asumida por la empresaria Luzmila Templo lo cual inyecta al club un importante aporte económico, y posibilita la contratación de jugadores de primera línea del ámbito nacional y bajo la dirección del profesor Diego Agurto y la capacidad goleadora de un argentino Humberto Miranda se corona por primera vez campeón de la Zona Regional Centro, y no solo se ganó un lugar directo entre los dieciséis participantes del Campeonato Descentralizado 1992, sino que clasificó a la Preliguilla del Regional II, en la que fue eliminado por Sport Boys en partidos de ida y vuelta, la ida favoreció al cuadro porteño por 1-0 y en el partido de vuelta venció el cuadro crema por igual marcador gol convertido por el goleador de ese equipo el argentino Humberto Miranda en vibrante partido,​ siendo eliminado en tanda de penales por el cuadro chalaco que a la postre fue el subcampeón nacional. Ese año hicieron su aparición luciendo la casaquilla crema César Rosales, Róger Serrano, Miguel Cáceda, Carlos Cumapa, Giuliano Portilla y el golero Francisco Pizarro quienes después brillarían en los cuadros más importantes del Perú.​

Vuelta al Torneo Descentralizado y tercer descenso

En el año 1992 se realiza una reestructuración del campeonato volviéndose al tradicional Torneo Descentralizado, el cuadro crema obtuvo el derecho a participar en este torneo merced al título conseguido el año anterior y junto a Unión Minas (subcampeón) representan a la Zona Centro del país. Ese año el cuadro huanuqueño acapara las primeras planas de los diarios capitalinos como nuevo equipo "millonario" del fútbol peruano realizando grandes contrataciones bajo el soporte económico de la empresa privada y con la intención de tentar el campeonato nacional; el club ficha a Ramón Anchisi considerado el mejor jugador del año 1991 del torneo descentralizado, al brasileño Ze Carlos, César Lara, Martín Dall'Orso (goleador del equipo), Ángel "Maradona" Barrios, además de mantener en el club a Humberto Miranda, César Rosales, Róger Serrano, Miguel Cáceda, Giuliano Portilla y Mifflin Bermúdez. Se frustra el fichaje del brasileño Julinho, quien ya brillaba en el Defensor Lima y se consagraría en Sporting Cristal en los siguientes años. Sin embargo, el equipo realiza una campaña irregular por lo que a fines de la primera rueda asume la dirección técnica del equipo Roberto Challe, finalmente el equipo queda a media tabla.​