Mineros de Fresnillo

En 2013 el equipo comenzó a participar en la Segunda División de México, en ese año debutó en el Apertura 2013 acabaron en la posición 26°. Para el Clausura 2014 acaban en la 28ª posición.

El equipo mejoró significativamente para el Torneo Apertura 2014, ya que terminó como el 4° clasificado del Grupo 2 de la Liga de Nuevos Talentos y 8.º lugar General de la Segunda División.

Llegó hasta la final disputándola contra la Selva Cañera. En la ida goleó 5-0 y en la vuelta ganó 2-0 coronándose campeón de la Liga de Nuevos Talentos.

Para el Apertura 2016 el equipo debutó en la Liga Premier de Ascenso, terminando ese torneo en la posición 13° de su grupo y la 40° en la tabla general, para el siguiente torneo el equipo logró la segunda posición de su grupo y la quinta general, consiguiendo su pase a la liguilla, sin embargo, cayeron eliminados en cuartos de final por Pioneros de Cancún.

Para el Apertura 2017 la Segunda División fue modificada, por lo que Mineros de Fresnillo pasó a militar en la Serie B, anteriormente conocida como Liga de Nuevos Talentos.​ En la temporada 2018-2019 el club avanzó a la liguilla, en donde volvió a ser eliminado en cuartos de final, en esta ocasión por Cañoneros Marina.

En 2019 el equipo regresó a la Serie A, anteriormente llamada Liga Premier de Ascenso, categoría en la que se mantiene desde entonces.

En 2021 Mineros de Fresnillo tuvo problemas en su continuidad debido a que la Minera Fresnillo retiró el financiamiento al club por problemas económicos,​ posteriormente el club Mineros de Zacatecas se convirtió en el administrador del equipo de Fresnillo, por lo que este pasó a convertirse en una filial del club de la capital de Zacatecas, aunque manteniendo su propia identidad.​​