Molinos El Pirata

2015: Fundación

El club fue fundado el 23 de noviembre de 2015, en el sector de Moshoqueque. El equipo surgió de la iniciativa de los asociados de la empresa G&B Molinos S. A. C., junto a amigos y vecinos del sector Moshoqueque del distrito de José Leonardo Ortíz. El nombre "Pirata" fue dado por el presidente honorario del club, Luis Guevara Bustamante, quien decidió rendirle homenaje a su hermano, quien falleció por una enfermedad que afectó su vista. Esto ya había sido tenido en cuenta previamente por la empresa en su producto "Arroz El Pirata Extra Nir", y en su Molinera "Molino El Pirata". Siendo así, se le dio este nombre también al club, lo cual le ha dado un nombre de amplia notoriedad.​

Cabe decir que previamente la empresa apoyó a Deportivo Construcción Civil durante su participación en la Etapa Nacional de la Copa Perú 2015. Luego de esta primera incursión en el mundo del fútbol, los asociados de la empresa decidieron crear así su propio club.​

2016: Campaña decente en la Copa Perú

En la Copa Perú 2016, el club inició su participación en la Liga Distrital de José Leonardo Ortiz en la que terminó siendo subcampeón.​ Posteriormente se proclamaría campeón provincial de Chiclayo​ y campeón departamental de Lambayeque.​​ De esa manera se clasificó a la Etapa Nacional.

Su participación en la Etapa Nacional de la Copa Perú empezó el 4 de septiembre de 2016 en un partido frente a San Antonio de Piura en Lambayeque. Al final de la Primera Fase de la Etapa Nacional ocupó el 14.° puesto, esto le permitió clasificarse para el Repechaje.

En el repechaje enfrentó a Racing Club de Huamachuco. El equipo de La Libertad ganó el partido de ida por 4-0, mientras que Pirata logró ganar la vuelta por 3-0 tras una suspensión por parte del equipo rival debido a las agresiones causadas por ellos mismos (dando a entender que ellos buscaban un puntaje mínimo de 4 goles para no quedar eliminados); esto generó que Pirata quede eliminado por el marcador global.

2018: Campeonato de la Copa Perú y el ascenso a Liga1

En 2018, inició su participación en la Copa Perú proclamándose campeón de la Liga Distrital de José Leonardo Ortiz,​ posteriormente fue subcampeón provincial de Chiclayo​ y campeón departamental de Lambayeque.​​ De esta manera se volvió a clasificar para la Primera Fase de la Etapa Nacional de la Copa Perú.

En la Primera Fase de la Etapa Nacional ocupó el 3.° lugar y con eso se clasificó de manera directa a la Segunda Ronda. En la Segunda Ronda Eliminatoria se enfrentó a Defensor Laure Sur con quien empató 4 - 4 en el resultado global; sin embargo logró avanzar gracias a la ventaja que tenía por haber ocupado una mejor posición que su rival en la tabla de posiciones de la Primera Fase. En la Tercera ronda su rival fue Credicoop San Cristóbal de Moquegua. En el partido de ida, jugado en Moquegua, Credicoop logró ganar por 3 - 0. A pesar de la diferencia, Pirata logró clasificarse a la siguiente etapa luego de ganar el partido de vuelta por 5 - 1.

El club disputó La Finalísima de la Copa Perú 2018 junto a Santos F. C. de Ica, Alianza Universidad de Huánuco y Unión Deportivo Ascensión de Huancavelica. Tras obtener el primer lugar en el cuadrangular, el equipo logró el primer ascenso a Primera División de Perú en toda su historia.​

2019: Debut efímero en la Liga1

Ante la no continuidad del técnico campeón Juan Carlos Bazalar, la nueva directiva inició el año con la presentación de Pablo Zegarra como nuevo entrenador del club. De igual forma, en conferencia de prensa se anunció que Pirata disputaría sus encuentros de local en el Estadio Francisco Mendoza Pizarro de Olmos, cambiando de localía puesto que antes disputaban sus encuentros en el Estadio César Flores Marigorda.

El 18 de febrero, Pirata debutó en el fútbol profesional venciendo en casa por 2-1 a Real Garcilaso del Cusco. Luis Acuy marcó el primer gol de Pirata en la Primera División (ahora denominada Liga1) y Carlos Canales, uno de los jugadores del plantel campeón de Copa Perú que quedaron, le dio el triunfo a Pirata. A pesar del sorpresivo triunfo, el club no pudo sostener regularidad y al cabo de 11 fechas, Zegarra fue cesado del cargo. El club empezó a pelear los últimos lugares de la tabla acumulada y algunas semanas después, Miguel Ángel Arrué terminó asumiendo la dirección técnica, para después ser reemplazado por Carlos Cortijo. Aunque el equipo había mejorado en los gramados de juego, los problemas administrativos terminaron afectando a Pirata, que terminó perdiendo 5 puntos en mesa. La situación se volvió insostenible y el 1 de noviembre el club perdió la categoría tras perder 3-0 ante Cantolao y por la victoria del Sport Boys ante FBC Melgar quedando así sin ninguna chance de poder seguir en la primera división, a falta de cuatro fechas para culminar el campeonato, despidiéndose de la Liga1 2019 de buena forma con una victoria de 3-1 ante UTC.

2020-Act: Temporadas en la Liga2

Tras el descenso, tenía que jugar la Liga2 2020; aunque entró en duda la realización del torneo por los casos de COVID-19. Al final se jugó con solo 9 fechas en terreno neutral donde Pirata FC quedó en el 5.º puesto, a un punto de las semifinales por el ascenso.

Para la Liga2 2021, también en terreno neutral, tuvieron un pésimo rendimiento tanto en el Apertura (con solo 4 puntos) y en el Clausura (con 11 puntos), quedando en el último en el acumulado pero al no haber descenso ese año conservaron la categoría.

La Liga2 2022 volvió a desarrollarse de forma descentralizada y tuvieron una campaña algo más aceptable que la anterior. Sumaron 10 y 13 puntos en el Apertura y Clausura respectivamente. Quedaron en el acumulado en el puesto 11 de 13, permaneciendo un año más en la división de plata.

Tuvieron una campaña similar en la Liga2 2023, tras las 26 fechas, sumarian 21 puntos, que deberían haberlo dejado penúltimo; sin embargo, el descenso administrativo del Alfonso Ugarte los dejaría antepenúltimos (12.º en acumulada), manteniéndose la categoría. En esta edición se registró su mayor goleada recibida en su historia, siendo un 11-0 por parte de Los Chankas en la última fecha del torneo.​

Para la Liga2 2024 empezaron desde la Zona Norte, la cual a pesar de tener un rendimiento irregular superaron tras obtener el sexto puesto de dicha zona. Ya en la siguiente etapa del torneo les toco integrar el Grupo B, donde quedaría último con solo 9 puntos y nuevamente sin chances de ascender. En esta temporada vuelven a quedar 12.º en la Tabla Acumulada.