Municipal Limeno

Municipal Limeño fue fundado el año 1949, por un grupo de ciudadanos de Santa Rosa de Lima, y su debut en la Primera División de El Salvador fue en la Temporada 1972, disputando su primer partido oficial el 7 de mayo de 1972, en el Estadio Santaneco ante el C.D. FAS, con resultado final de 3-2 a favor de los occidentales. Los santarroseños lograron finalizar su primera temporada en el máximo circuito futbolístico con 26 puntos, los cuales le permitieron acceder a la liguilla, en la cual finalizó último.​

Para la temporada 1974-75, Municipal Limeño participó en una liguilla para definir al descendido, el grupo lo conformó L.A. Firpo, Alianza F.C. y Sonsonate F.C., siendo este último el relegado a la Segunda División.

Tras una desastrosa temporada 1975-76, en la que únicamente sumó 22 puntos en 33 partidos, Municipal Limeño consumó su primer descenso en su historia.

Temporada 1993/1994

El club retornó al circuito de privilegio durante la década de 1990, específicamente en la temporada 1993-1994. Este ascenso se concretó tras vencer al Club Deportivo El Roble de Ilobasco en una serie final disputada a tres encuentros, en la que se definió al campeón de la Segunda División.​​

El equipo era dirigido por Nelson Brizuela y contaba en su plantilla con destacados futbolistas de la época, entre ellos Omar Sevilla, José Romero, Miguel Menjívar, Miguel Segura, Mario Ruiz, Lorenzo Rosales y Salvador Rosales. La combinación de experiencia, talento y dirección técnica permitió consolidar el retorno del club a la máxima categoría del balompié nacional.​

Torneo Apertura 1999

Con la implementación del formato de Torneos Cortos en el fútbol salvadoreño, Municipal Limeño alcanzó uno de los hitos más importantes de su historia deportiva al disputar la final del Torneo Apertura 1999. Bajo la dirección técnica de Óscar Emigdio Benítez, el equipo de Santa Rosa de Lima se destacó por su rendimiento competitivo a lo largo del certamen.

Municipal Limeño clasificó a la fase final como líder de la tabla general, acumulando un total de 35 puntos en la fase regular. En las semifinales, eliminó al Alianza Fútbol Club, lo que le permitió acceder a la final del campeonato. El encuentro decisivo se llevó a cabo en el Estadio Nacional Flor Blanca ante el Club Deportivo Águila.

La final se resolvió en tiempo suplementario, con un marcador de 1-0 a favor del conjunto migueleño. El único gol del partido fue anotado por Erber Burgos al minuto 110, lo que privó a Municipal Limeño de obtener su primer título de liga en la era de los torneos cortos. Entre los jugadores más destacados del plantel cuchero figuraban Santos Noel Rivera, Deris Umanzor, Oris Velázquez, así como los hermanos Rudis y Magdonio Corrales.​

Torneo Apertura 2000

En este torneo Municipal Limeño alcanzó por segunda vez la final de un torneo corto. En esta ocasión, el equipo fue dirigido por el entrenador peruano Alberto Agustín Castillo y se consolidó como uno de los conjuntos más regulares de la competencia. Municipal Limeño finalizó la fase regular como líder de la tabla general con 40 puntos, habiendo perdido únicamente dos partidos. Durante ese torneo, el club registró la mayor goleada del campeonato al imponerse por 10-0 al Club Deportivo Santa Clara el 21 de noviembre de 2000, en un resultado histórico para la institución.​

En las semifinales, el conjunto santarroseño superó con autoridad al Atlético Balboa, con un marcador global de 7-1, lo que le permitió avanzar nuevamente a la final. El encuentro decisivo se disputó en el Estadio Cuscatlán frente al Club Deportivo Águila. En un partido en el que ambos equipos apostaron por el aspecto ofensivo, Municipal Limeño cayó por marcador de 3-2. Los goles del equipo cuchero fueron anotados por César Charún y Josué Nahúm Galdámez, mientras que por el cuadro migueleño destacaron Adrián Mahía con un gol y Deonel Bordón con un doblete.​​

A pesar de no conquistar el título, el torneo representó una de las campañas más destacadas en la historia del club cuchero, consolidando su protagonismo en el fútbol salvadoreño a inicios del siglo XXI.

Temporada 2004/2005

Durante el Torneo Apertura 2004, el Municipal Limeño atravesó la peor campaña en su historia dentro de la Primera División de El Salvador. El equipo sumó únicamente 6 puntos en toda la fase regular y no logró obtener una sola victoria a lo largo del certamen. Bajo la dirección del técnico uruguayo Ricardo Ortiz, y posteriormente del argentino Raúl Chocherai, el conjunto santarroseño finalizó en el último lugar de la tabla general. En la tabla acumulada, quedó a 13 puntos de diferencia de sus rivales más cercanos: Once Municipal y Once Lobos, situación que lo colocó en una posición crítica en la lucha por la permanencia.​

Ante esta situación, para el Torneo Clausura 2005 el club recibió una significativa inyección económica por parte de empresarios locales, quienes asumieron el control de la institución tras la renuncia de Gumercindo Ventura como presidente. Esta nueva administración buscó reforzar al equipo con el objetivo exclusivo de evitar el descenso.

Llegaron al plantel refuerzos extranjeros como Pablo Caballero, Gabriel Garcete, Christian Santamaría, Carlos Güity y Francis Reyes, junto a jugadores nacionales de experiencia como Sergio Muñoz, Marlon Medrano, Mártir Paredes, Manuel Carranza y Néstor Morales. El equipo fue dirigido por Nelson Brizuela, quien ya había tenido una etapa previa en el club.​

En lo deportivo, Municipal Limeño logró una destacada recuperación en el Clausura 2005, finalizando en el segundo lugar de la tabla regular y clasificando a las semifinales, donde enfrentó a Luis Ángel Firpo. Sin embargo, fue eliminado por los pamperos con un marcador global de 7-1. A pesar del buen rendimiento en ese torneo, en la tabla acumulada el club se ubicó en el noveno lugar, lo que le permitió evitar el descenso directo, pero lo obligó a disputar una serie de repechaje ante el subcampeón de la Segunda División, el Coca-Cola.​