Naval

En 1991, tras la desafiliación de Deportes Naval del fútbol profesional, y ante la negativa de la Armada de Chile de poner la institución en manos de la comunidad, el municipio de Talcahuano designa al "Club Deportivo Los Náuticos" (fundado en 1972) como nuevo representante de la ciudad en las competiciones nacionales. "Los Náuticos" participaron bajo ese nombre en el torneo de Tercera División de ese año.

En 1992, modificó su nombre al de Club de Deportes Talcahuano, el cual compitió en Tercera hasta que en el torneo de 1999, se coronó campeón de la categoría, ascendiendo a Primera B. De esta forma, Talcahuano puso término a un largo transitar por el amateurismo, donde prolongar la historia del viejo Naval no fue tarea fácil.

En la Primera B, Deportes Talcahuano fue un permanente protagonista de la categoría. De hecho, en su primer año de profesionalismo rozó la hazaña de ascender a Primera División, no obstante, debió conformarse con un meritorio tercer lugar aquel campeonato 2000, mientras que en la Primera B 2001 finalizó en quinto lugar. Tras no lograr el objetivo de ascender nuevamente el siguiente año, emigraron del club pilares importantes, por lo cual el equipo pierde protagonismo y en la Primera B 2003, finalizó en la posición décimo tercero de 16 equipos. Erwin Concha, José Pastrana, Cristián Oviedo, Ricardo Bascuñán, Elías Quijada, Sandro Navarrete, Elton Troncoso, Luis Díaz, Sergio Zúñiga y Luis Sanhueza, fueron algunos de los jugadores destacados que vistieron la casaquilla chorera de Deportes Talcahuano durante ese período en la Primera B.

Regreso de Naval

El 27 de marzo de 2004 cambió de nombre a Naval, reviviendo el nombre del extinto Deportes Naval de Talcahuano, club perteneciente a la Armada de Chile que había sido fundado el 21 de mayo de 1944 y que en febrero de 1991 se retiró del campeonato de Primera División. El nuevo Naval re-debutó como local en el Estadio El Morro el 13 de marzo de 2004 venciendo a Deportes Concepción por 2 goles a 1 con tantos de Francisco Michea y César Burgos.​ La temporada de Primera B 2004 mostró a un Naval protagonista de principio a fin, pero tal como había sucedido con Deportes Talcahuano en años anteriores, no se logró el ascenso y debió resignarse a quedar en la categoría.

El club auguró con realizar un gran campeonato el año siguiente tras vapulear en el debut a Fernández Vial por 4 goles a 0. Sin embargo, la crisis económica que vivió la institución a lo largo del año, derivó en que el Tribunal de Disciplina de la ANFP le descontara 3 puntos por sueldos impagos, 9 puntos por el no pago de finiquitos​ y 15 puntos por la no presentación del plantel profesional ante Magallanes en septiembre de ese año, esto último, en una decisión que tomaron los jugadores debido al incumplimiento de sus sueldos.​ A raíz de esto, Naval sufrió el descenso a la Tercera División, definiéndose su situación en el último partido el cual jugó de visita en Coronel contra el equipo de Lota Schwager, cayendo por 0-1. Como hito, el estadounidense Chase Hilgenbrinck se convirtió ese año en el primer extranjero en vestir la camiseta de Naval.​

Naval S. A.

El 17 de noviembre de 2006, en una asamblea de socios se da el puntapié inicial para transformar a Naval en una Sociedad Anónima Deportiva, planteándose el objetivo de llegar a la Primera División del fútbol chileno.

En 2008 y tras 3 años en Tercera, Naval logró el ascenso a la Primera B. Lo consiguió luego de una férrea competencia con Deportes Temuco, ya que ambos llegaron con igualdad de puntos a la última fecha del torneo. Un empate 1-1 ante Magallanes en el Estadio Santiago Bueras de Maipú, con gol de John Munizaga a los 89' le bastó para superar a los temuquenses, que cayeron ante Colchagua por 3-2 (curiosamente el gol del triunfo de Colchagua fue anotado en simultáneo al gol de Naval).​​ Resultaron ser pilares fundamentales para conseguir el título, el arquero José Acevedo, Iván "Pichunga" Herrera, autor de un gol clave en la penúltima jornada ante Iberia, John Munizaga, quién convirtió los ocho penales que ejecutó en el torneo incluyendo el del título y el delantero Freddy Tapia, goleador del equipo con 15 tantos.

De regreso en Primera B, en las temporadas 2009 y 2010, con la base de jugadores que había logrado el título del 2008, el club se ubica en la medianía de la tabla, mientras que en el 2011, pese a lograr el segundo lugar de la tabla anual, el sistema de campeonato impidió a Naval ascender en forma directa a Primera División, debiendo jugar la liguilla de promoción frente a Santiago Wanderers, perdiendo 1-0 de local y empatando 2-2 de visita, situación que lo hizo seguir en la misma división para el año 2012. Aquel plantel dirigido por Víctor Merello tuvo como figuras destacadas al portero argentino Luis Aseff, al defensa Jorge Aquino, al lateral Boris Sandoval (que fue transferido a Huachipato a mitad de año), al volante Matías Grandis y al delantero seleccionado guatemalteco Minor López. En la Primera B 2012, Naval jugó su mejor partido del año venciendo 3-1 a Ñublense en Chillán y de paso, acabar con el invicto de 18 partidos sin perder que tenía el elenco rojo. El club alcanzó el tercer lugar en el Clausura de ese año, destacando el aporte de los hermanos Christian y Matías Leichner y el regreso al Estadio El Morro tras su primera etapa de reconstrucción después de ser azotado por el Terremoto y tsunami de 2010.

En la temporada 2013-14 y con Mario Lepe como DT, irrumpen en el primer equipo juveniles como Ulises Castagnoli, Luis Cabezas y Diego González lo que sumado a la experiencia de Jaime Barrientos y Mario Salgado entre otros, le permitió a Naval mantener la categoría. Sin embargo, el equipo Chorero fue denunciado por presentar irregularidades en el pago de las cotizaciones previsionales de los jugadores y debido a ello, la ANFP decidió castigar al club con el descenso a la Segunda División Profesional en mayo de 2014.​​​​