U. San Martin

Fue fundado a inicios del año 2004 por la Universidad de San Martín de Porres y fue el primer club del Perú que se organizó como una Sociedad Anónima.​ Ascendió a la Primera División del Perú al comprarle la categoría al club Sport Coopsol, que había campeonado en la Segunda División Peruana.​

2004-2006: Inicios

En aquella temporada casi descienden a la Segunda División. En el Torneo Apertura bajo la dirección técnica de Juan Calors Oblitas, el equipo finalizó en la última posición con 10 puntos, en el Clausura debía hacer 44 puntos para salvarse de la baja, e hicieron 47 con lo que se salvaron en el último partido del año al ganarle 0-1 a Unión Huaral en su estadio, teniendo como técnico al argentino Oscar Malbernat. Terminaron segundos del Clausura, pero no les sirvió para clasificar a algún torneo internacional, pues en el acumulado estuvieron muy relegados.

En el Torneo Apertura 2005 acabaron séptimos luego de un mal arranque, pero la remontada no sirvió para llegar a puestos de honor, cosa que si pasó en el Clausura al quedar segundos, clasificando a la Copa Sudamericana 2006.​ El 26 y 29 de enero de 2006, el club afronta sus primeros partidos internacionales amistosos, San Martín goleó al entonces subcampeón colombiano Real Cartagena de Colombia por 3-0 jugando de visita en el Estadio Arturo Cumplido Sierra,​ luego cayó por 5-2 frente al Deportivo Pereira en el Estadio Hernán Ramírez Villegas.​

En el Torneo Apertura 2006, luego de una mala racha, Juan Antonio Pizzi fue contratado e hizo que el club llegue a ubicarse entre los clubes de honor, al quedar quinto.​​ Luego en la Copa Sudamericana 2006 fue eliminado por goles de visita ante el Coronel Bolognesi. Perdió 1-0 en Tacna, pero en el Monumental ante 3000 alumnos de la Universidad, ganó 3-2, siendo su primer triunfo en un torneo continental, pero no pudo pasar a la siguiente fase.

2007: Primera Corona

El domingo 27 de mayo de 2007 se consagró campeón del Torneo Apertura venciendo 2-1 a Cienciano en el Estadio Inca Garcilaso de la Vega en Cusco.​

En junio de 2007, San Martín viajó a Colombia para enfrentar en partido amistoso al Once Caldas el resultado fue de 1-0 a favor de los locales.​ En julio, durante la para por la Copa América 2007 San Martín participa de un cuadrangular en Lima organizado por el club Sporting Cristal, donde fueron invitados la Liga Deportiva Alajuelense de Costa Rica con quien empató 1-1 y la Universidad Católica de Chile con quien perdió por 4-1.​ El domingo 16 de diciembre, a pesar de caer 0-2 de local frente a Universitario de Deportes, salió campeón nacional del Campeonato Descentralizado por primera vez en su historia, sin disputar el play off, debido a que el campeón del Torneo Clausura 2007, Bolognesi de Tacna, no se había clasificado en el Apertura entre los primeros puestos. Este título le permitió a la Universidad San Martín participar en la Copa Libertadores 2008.

2008: El Bicampeonato

En febrero de 2008, San Martín fue invitado a un cuadrangular de pretemporada realizado en Uruguay llamado Copa Suat, donde le ganó al Tacuary de Paraguay por 1-0​ y perdió por penales contra Nacional de Uruguay.​ En Ecuador la Copa del Pacífico​ y en Argentina la Copa Ciudad de Santa Fe.​ En su primera participación en la Copa Libertadores 2008 el equipo debutó con un triunfo sorpresivo contra River Plate por 2-0 que contaba con Ariel Ortega como una de sus figuras, sin embargo perdería los siguientes duelos con la Universidad Católica en Lima por 1-0 y con el América en México por 3-1. En Lima le ganó a las águilas por 1-0 con gol del uruguayo Mario Leguizamon, pero se despedirira con derrota sobre la Universidad Católica en Chile por 1-0 faltando cinco minutos para finalizar el partido. En su último partido fue goleado por los millonarios en Argentina por 5-0, despidiéndose en el último lugar del Grupo 5 con apenas 6 puntos.

Su participación en el Torneo Apertura 2008 fue importante. Tras un mal arranque logró el tercer lugar. En el Torneo Clausura terminaron como campeones, logrando el bicampeonato nacional del Campeonato Descentralizado debido a que Universitario de Deportes -campeón del Apertura- no logró ubicarse entre los siete primeros, lo que impidió que hubiese una definición entre ambos equipos.​

2010: Tercera Corona

En el Campeonato Descentralizado 2010 vuelve a consagrarse como campeón, tras derrotar en la final al León de Huánuco. De la mano del entrenador Aníbal Ruiz, empató 1-1 en Huánuco con un gol de Alemanno y ganó el partido de vuelta por 2-1 en Lima con goles de Pedro Alexandro García y Pablo Vitti.

En la temporada 2011 el equipo se mantuvo durante la primera parte de la tabla debajo de los primeros puestos con una racha negativa de 12 partidos sin ganar tanto en el Torneo Descentralizado como en la Copa Libertadores 2011, se rumoreó la salida del DT. Ruiz pero el equipo volvió al triunfo el 7 de mayo de con una sorprendente victoria de 4-0 sobre el puntero de aquel entonces Alianza Lima. De ahí en adelante el equipo santo tuvo una campaña aceptable clasificando a la Copa Sudamericana 2012.

2012-2020: El Resurgir

El año 2012 empieza con grandes cambios en el club ya que tras acuerdo de la directiva y el DT Aníbal Ruiz se rescinde su contrato y asume Franco Navarro como nuevo entrenador por toda la temporada.

El 20 de febrero de ese año, luego de una reunión de los directivos del club, a raíz de una huelga de jugadores por problemas en el campeonato profesional, se decidió retirar al Club Deportivo Universidad de San Martín de Porres del campeonato y cerrar el club. Hubo indicios de redimir su accionar, pero tras dos reuniones entre los directivos del club y la Federación Peruana de Fútbol, el club decidió retirarse definitivamente el día 2 de marzo de 2012 debido al estado del torneo peruano como cita el comunicado enviado por el club a la Federación Peruana de Fútbol: