V-varen Nagasaki

Primeros años (1985-2004)

El club nació en 2004 para convertirse en el principal equipo profesional de fútbol de la prefectura de Nagasaki, a partir de la fusión de dos clubes locales: el Ariake SC (fundado en 1985) y el Kunimi FC.

V-Varen Nagasaki (2005-actualidad)

Cambió su nombre por el de V-Varen Nagasaki en 2005. En el nombre hace referencia a los orígenes de Nagasaki como ciudad portuaria: la letra "V" representa tanto la palabra "Vitoria" (victoria, en portugués) como "Vrede" (paz, en neerlandés), mientras que "Varen" significa "navegar" en neerlandés. En ambos casos, se recoge también el origen de los primeros extranjeros de la localidad.

Ese mismo año ingresó en la liga regional de la isla de Kyushu y en 2006 se proclamó campeón. Durante tres años luchó por el ascenso a la Japan Football League (JFL), hasta que lo consiguió en 2008 al terminar segundo en la promoción.

El equipo se inscribió como "miembro asociado de la J. League" en 2009 y después de un undécimo puesto en su primer año, quedó en quinta posición en los dos siguientes, a las puertas del ascenso a la segunda división. Finalmente, logró subir en 2012 como campeón de la JFL. En 2013 se estrenó en la J2 League con Takuya Takagi, exfutbolista y natural de Nagasaki, como entrenador.​

En la temporada 2017 el V-Varen logró el ascenso a J1 League, la máxima categoría.​