Sepahan FC

Le club ouvre son palmarès à partir des années 2000. Neuvième de l'exercice 2001-2002, il met fin à l'hégémonie des clubs de la capitale (depuis 1995, Pirouzi Teheran et Esteghlal Teheran se partageaient le titre) en s'emparant du titre de champion d'Iran en 2003. Qualifié en Ligue des champions d'Asie en 2004, Sepahan est éliminé dès le premier tour, en terminant deuxième de sa poule derrière les Saoudiens d'Al Ittihad Djeddah, en étant battu à la différence de but (3-2 à l'aller en Iran, 0-4 au retour en Arabie saoudite). En championnat, le club ne termine qu'à la sixième place, mais remporte un nouveau trophée avec la coupe d'Iran contre l'Esteghlal Teheran (3-2 à Ispahan, 2-0 à Téhéran), leur permettant de disputer de nouveau la Ligue des champions d'Asie.

La saison 2005 est plus difficile pour le club, qui termine dixième du championnat, avec une nouvelle élimination au premier tour de la Ligue des champions, cette fois-ci contre les Émiratis d'Al Ayn Club. Le club subit également une élimination prématurée en huitièmes de finale de la coupe d'Iran contre le Paas Teheran (1-4). Absent des joutes continentales en 2006, Sepahan reste en milieu de tableau du championnat (septième du championnat), mais ajoute une ligne à son palmarès en disposant du Pirouzi Teheran en finale (1-1 à Téhéran, 1-1 à Ispahan, t.a.b. 4-2), leur permettant de se qualifier pour la prochaine Ligue des champions d'Asie.

Lors de l'édition 2006 de la Ligue des champions, l'équipe réussit pour la première fois de son histoire à s'extirper de la phase de poule, en dominant les Saoudiens d'Al Shabab Riyad, d'Al Ayn Club, et les Syriens d'Al Ittihad Alep. Qualifié en quarts-de-finale, ils écartent les Japonais du Kawasaki Frontale aux tirs au but, après deux matchs nuls 0-0. Ils accèdent à la finale, en éliminant les Émiratis d'Al Wahda Abu Dhabi (3-1, 0-0). En finale, malgré un match nul à domicile contre les Japonais d'Urawa Red Diamonds 1-1, ils sont défaits 2-0 au Japon. Sur le plan national, Sepahan termine cinquième du championnat 2007, et conserve la coupe d'Iran contre le Saba Battery Teheran (1-0 ; 3-0). Fin 2007, le club est invité à participer à la Coupe du monde des clubs 2007 au Japon en tant que finaliste de la Ligue des champions, et devient ainsi le premier club iranien de l'histoire à être convié à cette compétition. Le club domine en match de barrage l'équipe néo-zélandaise de Waitakere United (3-1), mais est défait en quart-de-finale contre les mêmes adversaires rencontrés en finale de la Ligue des champions, à savoir les Urawa Red Diamonds, sur le score de 1-3.

En septembre 2014, Hossain Faraki est nommé entraîneur du Sepahan SC. Avec Faraki à sa tête, le Sepahan SC est sacré Champion d'Iran pour la cinquième fois de son histoire lors de la saison 2014-2015. Le club valide son titre lors de l'ultime journée, le 15 mai 2015, en s'imposant face au Saipa SC sur le score de deux buts à zéro, grâce à un doublé de Mehdi Sharifi (en). Sepahan devance seulement d'un point son dauphin, le Tractor Sazi, et termine ainsi premier du championnat iranien.

Le 24 juin 2022, le Sepahan choisit José Morais pour devenir l'entraîneur principal de l'équipe première. Avec le technicien portugais à la tête de l'équipe, le club remporte la Coupe d'Iran face au Mes Rafsanjan F.C. (en) en s'imposant par deux buts à zéro le 20 juin 2024.

Morais quitte le club en novembre 2024 pour des raisons personnelles. Il est remplacé par le français Patrice Carteron, nommé officiellement le 26 novembre 2024 où il signe un contrat de deux ans.