Guayaquil

Klub powstał w 2007 roku pod nazwą CD River Plate Ecuador jako partnerska drużyna argentyńskiego potentata CA River Plate. Szefem projektu został Mario Canessa Otero. Klub przejął od argentyńskiego River Plate biało-czerwone barwy, bliźniaczy herb oraz metodologię szkolenia. Początkowo skupiał się na szkoleniu i promowaniu młodych zawodników. Dopiero po kilku miesiącach utworzył drużynę seniorów.

W latach 2008–2009 zespół występował w trzeciej lidze ekwadorskiej. Na koniec sezonu 2009 awansował do drugiej ligi. Zdecydowano się wówczas na zakończenie współpracy z CA River Plate, zmieniono herb klubu oraz barwy (na czerwone), a w 2013 roku usunięto człon „Plate” z nazwy klubu (od tamtej pory brzmiała ona CD River Ecuador). W latach 2010–2014 River Ecuador występował w drugiej lidze, a na koniec sezonu 2014 po raz pierwszy w historii wywalczył awans do najwyższej klasy rozgrywkowej.

Po promocji do ekwadorskiej Serie A klub przeniósł się z Estadio La Fortaleza (ok. 3000 miejsc) na Estadio Christian Benítez Betancourt (wówczas ok. 8000 miejsc).

W lipcu 2017 klub zmienił nazwę na Guayaquil City FC oraz barwy na błękitno-białe, pochodzące z flagi miasta Guayaquil.

W 2021 roku Guayaquil City po raz pierwszy wziął udział w kontynentalnych rozgrywkach Copa Sudamericana.