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Em 16 de novembro de 1959, o empresário de negócios Billy Sullivan, de Boston, recebeu a chance de desenvolver a oitava e última time franquia da American Football League (AFL), uma liga de futebol americano criada para rivalizar com a NFL (algo que fizeram muito bem). Após o inverno, a população local começou a submeter ideias para o nome oficial do novo time que seria sediado em Boston. A escolha mais popular – e a que Sullivan selecionou – foi "Boston Patriots" em uma referência aos "Patriotas", termo que era usado para se referir aos americanos que lutaram pela revolução em favor da independência das Treze Colônias americanas contra o Império Britânico, no século XVIII. Logo em seguida, o artista Phil Bissell, do The Boston Globe, desenvolveu o logo "Pat Patriot".

Os Patriots não se saíram muito bem no seu período na AFL e eles nunca tiveram um estádio regular próprio para jogar em casa. O Nickerson Field, o Harvard Stadium, o Fenway Park e o Alumni Stadium serviram como campo para os Patriots durante os campeonatos da American Football League. Eles se classificaram para apenas um playoff, na temporada de 1963, contra o San Diego Chargers, e perderam por 51 a 10 na final. Eles passariam os próximos treze anos na AFL e depois na NFL longe da pós-temporada.

Quando a NFL e a AFL se fundiram em 1970, os Patriots foram colocados na Divisão Leste da American Football Conference (AFC), onde eles ainda jogam até os dias atuais. No ano seguinte, o time se moveu para um novo estádio em Foxborough, Massachusetts, que serviria como seu estádio pelos próximos 30 anos. Uma das consequência dessas mudanças foi o anúncio da mudança de nome, de Boston Patriots para Bay State Patriots. Porém o nome foi rejeitado pela NFL e em 22 de março de 1971 uma nova mudança foi feita, desta vez para New England Patriots.

Durante a década de 1970, o NE Patriots teve alguns sucessos, se classificando para os playoffs em 1976 — pela repescagem — e em 1978 — como campeão da Divisão Leste da AFC. Eles perderam, em ambos os casos, na primeira rodada. Em 1985, os Patriots retornaram a pós-temporada e chegaram ao Super Bowl XX, mas foram derrotados pelo Chicago Bears por 46 a 10. Após a derrota no Super Bowl, eles retornariam para os playoffs em 1986, mas novamente caíram na primeira rodada. Se seguiram oito anos longe da pós-temporada. Em 1990, os Patriots tiveram uma temporada de 1 vitória e 15 derrotas. O time mudaria de dono três vezes nos próximos quatorze anos, com a Família Sullivan vendendo o clube para Victor Kiam em 1988, que por sua vez vendeu a franquia para James Orthwein em 1992. Orthwein queria mudar o time para sua cidade nativa de St. Louis, no Missouri (onde ele também pretendia mudar o nome do time para St. Louis Stallions), mas ele acabou vendendo o time por US$ 175 milhões de dólares (valor da época) para o empresário Robert Kraft em 1994 (que ainda é o dono do clube).

Apesar do período com Orthwein como dono ter sido curto e controverso, ele presidiu sobre importantes mudanças, primeiro contratando Bill Parcells, ex-técnico do New York Giants, em 1993. Orthwein também trabalhou com a NFL para desenvolver uma nova identidade visual e um novo logo para o clube, deixando as cores vermelho, azul e branco e mudando para azul e cinze, nos uniformes. Parcells levaria os Patriots a dois playoffs, incluindo uma aparição no Super Bowl XXXI, onde eles perderam para o Green Bay Packers, por 35 a 21. Pete Carroll, o sucessor de Parcells, também levaria o time para a pós-temporada duas vezes, em 1997 e 1998, antes de ser dispensado em 1999.

O atual técnico dos Patriots, Bill Belichick, foi contratado em 2000 e um novo campo, o Gillette Stadium, foi aberto em 2002. Sob o comando de Belichick, a equipe ganhou três Super Bowls em quatro anos (2001, 2003 e 2004). Os Patriots terminaram a temporada regular de 2007 com uma campanha perfeita de 16 vitórias em 16 jogos, se tornando o quarto clube a terminar uma temporada regulamentar invicto, e o primeiro e único time a fazer isso desde que a liga adotou o formato de 16 jogos por temporada regular. Eles foram até a grande final, o Super Bowl XLII, como franco favoritos mas perderam para o New York Giants por 17 a 14, dando aos Patriots um ano de 18 vitórias e uma derrota. Os Patriots retornariam ao Super Bowl (edição XLVII) em 2012 mas perderam de novo, mais uma vez para o NY Giants, por 21 a 17. Na temporada de 2014, veio mais uma participação no Super Bowl (edição XLIX), desta vez sendo mais bem sucedidos e vencendo o Seattle Seahawks por 28 a 24.